1978年实施计划免疫之后，中国百日咳发病率由使用疫苗前的100/10万～200/10万下降到20世纪90年代后的1/10万以下^[9]。2006年至2010年全国百日咳病例的报告发病率约为0.2/10万，病例主要集中在≤2岁儿童(约占70%)，其中实验室诊断的比例仅约占2%^[10]。2010年至2014年，中国百日咳的报告发病率依然较低，仅为0.126 4/10万～0.433 7/10万^[4]。除全国的年均报告发病率较低外，已经发表的各省市的报告发病率均在1/10万以下。湖北省2005年至2015年百日咳报告发病率为0.047/10万～0.217/10万，发病年龄集中在1岁以下(占62.7%)，其中实验确诊病例占1.1%^[11]。贵州省2004年至2013年全省报告百日咳年均发病率为0.245/10万，2013年最低仅为0.071 8/10万，病例主要集中在6岁以下儿童(占86.23%)，其中实验室诊断病例占1.89%^[12]。天津市在没有开展加强监测之前，百日咳的报告发病率也处于较低水平，1994年至2009年百日咳平均发病率为0.38/10万，尤其是2009年为0.18/10万，达到历史最低水平，均为临床诊断病例^[13]。在没有全国统一的百日咳监测方案的背景下，绝大多数省市的病例报告基本都是医院的被动报告，报告发病率低于1/10万，基本以6岁以下儿童为主，实验室确诊病例的比例极低。2011年由中华预防医学会牵头的专题研讨认为，基于医院被动监测报告上来的中国百日咳发病水平可能被严重低估^[14]。

为了解较为真实的百日咳发病水平，部分省市疾控部门制定了辖区内的百日咳监测方案，将PCR、血清抗体检测等方法引入监测方案。天津市2010年开始进行百日咳加强监测，当年揭示发病率较2009年提高了535%^[13]；2015年报告的发病率为2.51/10万，是1991年以来报告发病率最高的一年。监测发现百日咳流行特征也发生了改变，15岁以上的青少年/成人病例的构成比由2008年之前的0上升至2010年的40%；15岁以下病例中有全程免疫接种者占40%(资料未发表)。河南省在开封市开展的哨点监测显示，2016年百日咳发病率为1.3/10万，高出全省报告发病率10倍之多，同时监测到了成人病例(资料未发表)。山东省济南市近年来的百日咳发病水平明显升高，2014年的发病率(3.1/10万)是前5年平均发病水平(0.36/10万)的8.61倍，2015年的发病数较2014年上升了52.29%^[15]；2016年的发病率更是高达6.81/10万(资料未发表)。济南市百日咳病例的年龄分布也出现变化，青少年(7～24岁)病例比例从2010年的0上升至2015年的7.25%，2014年至2015年间还出现了成人病例(≥25岁)；婴幼儿病例比例不断下降，大龄儿童、青少年和成人病例比例增高(资料未发表)。新疆在喀什市、伊宁市开展了百日咳加强监测发现，年均发病率分别达到5.25/10万和2.45/10万(资料未发表)。上述哨点监测结果表明既往百日咳上报数据不能反映百日咳发病真实水平，严重低估了百日咳发病水平；百日咳病例中青少年/成人病例构成增多，完成疫苗接种人群再发病者也不少见。

虽然哨点监测的百日咳发病率显著高于既往医院被动监测的结果，但医院报告病例仍然只是百日咳真实发病情况的冰山一角。因此，国内一些研究机构开展了百日咳的症状监测。2008年11月1日至2009年10月31日，上海、重庆、昆明和银川4个城市开展了一项多中心研究^[16]，在1 001例>6岁、持续咳嗽2周以上儿童中，实验室诊断发现近期患过百日咳者高达11.3%。天津市2010年至2012年开展的社区人群百日咳症状监测发现，在咳嗽病例中百日咳的检出率为10.38%(95% CI：8.57～12.19)，发病率为23.52/10万，是同期医院报告发病率的16.22倍^[17]。湖南省衡阳市妇幼保健院在2013年5月至2015年5月收治的168例慢性咳嗽患者中发现百日咳鲍特菌感染率为12.43%。要注意到的是，对于接种过疫苗的儿童，百日咳鲍特菌感染依旧是持续性咳嗽的主要原因^[18]。2013年1－ 6月在广州市妇女儿童医疗中心就诊的14岁以下、咳嗽时间持续在3周以上的127例患儿进行了百日咳抗体检测，按PT－IgG>1×10⁵ U/L诊断百日咳，诊断出27例(21.26%)^[19]。山东大学齐鲁儿童医院2015年在就诊的迁延性咳嗽患儿中引入了百日咳血清抗体及PCR检测，结果3 068例迁延性咳嗽患儿中，诊断百日咳657例(21.4%)，其中由百日咳血清抗体和/或PCR诊断者545例，占诊断病例的83%^[20]。从上述研究看，基于症状监测的研究中，百日咳的实际检出率为10.38%～21.40%，社区人群的发病率可高达23.52/10万。这远高于医院被动监测的报告水平。

百日咳具有极强的传染性。首发病例不能及时诊断、隔离、治疗，很容易在接触者引起续发病例，可导致集中暴发疫情。在个案监测的基础上，天津市疾病预防控制中心对聚集发病进行了系统的监测，发现聚集性发病存在4种类型：家庭聚集、学校聚集、医院聚集及同村聚集，其中以家庭聚集性为主(85.33%)。2010年至2012年家庭聚集发病发现，平均感染率可高达77.88%，其中24个家庭的罹患率高达100%。家庭聚集性发病类型中以成人－婴幼儿传播模式为主(67.19%)，父母亲为婴幼儿百日咳的主要传染源(78.44%)^[21]。2016年湖北省随州市主动监测到一起百日咳家庭聚集性发病，一个家庭5人中4人被感染^[22]。天津某小学出现百日咳的暴发流行，116例确诊病例，占在校学生的30.29%(资料未发表)。上述结果显示即使在人群普遍实施疫苗接种之后，百日咳仍然在成人/青少年相互之间传播，而他们又是婴幼儿的重要传染源。在这个过程中，临床医师和疾控人员中也未能幸免。

病例监测需要很强的实验室检测能力，同时要提高临床医师的认知水平，因此病例监测因不同地区、检测方法不同等原因，其结果差异很大。人群百日咳血清流行病学监测可以客观地反映该地区过去一段时间百日咳的真实感染水平。2011年Wang和Zhu^[23]通过一项多中心血清流行病学研究发现，国内不同年龄组中百日咳的年感染率可高达7 000/10万～14 600/10万。广东省健康人群百日咳抗体水平调查发现百日咳近期感染率为7.08%^[24]。北京市2012年调查2 147名≥10岁人群的百日咳感染率为8.29%，而2010年以来，北京市百日咳报告发病率仅为0.041/10万～0.085/10万，远低于血清学调查的感染率^[25]。天津市2010年至2012年监测的1 825名的感染率为10.96%，其中4～83岁年龄组为8.84%，估计发病率为10 852/10万，其中51～83岁组估计发病率最高，为18 986/10万(P＝0.001)，且随年龄的增长呈线性升高趋势(r＝0.976，P<0.001)^[26]。以上研究结果证实，在3年内没有接种疫苗的人群中百日咳的感染率可接近10%，这与症状监测的研究结果基本一致。