新近研究显示，根据粪便细菌含量及结肠容积，估算人体中结肠细菌数量约为3.8×10¹³个^[1]。肠道菌群组成在宿主成年后保持相对稳定，在感染、妊娠、服用抗菌药物及长期改变原有的生活方式时发生变化。肠道菌群在宿主固有免疫和获得性免疫的建立中起到重要的作用，同时宿主与微生物的互相作用也是宿主免疫耐受所必需。越来越多的研究证明肠道菌群紊乱可能参与多种疾病的发生发展，其中包括各种自身免疫病^[2]。本综述阐述了肠道菌群和宿主免疫系统的相互影响，肠道菌群在类风湿关节炎（rheumatoid arthritis, RA）、系统性红斑狼疮（systemic lupus erythematosus, SLE）、强直性脊柱炎（ankylosing spondylitis, AS）3种自身免疫病中的改变，以及通过调节肠道菌群的方法辅助治疗自身免疫病。