在细菌分析中，发展了很多基因分型技术，包括分析部分基因组信息的脉冲场凝胶电泳、多位点可变串联重复序列分析和差异片段分析技术等，以及基于全基因组信息的比较基因组学技术。在鼠疫菌的研究与应用中，很多技术得到了成功的应用。该研究主要与同期发表的有关鼠疫菌质粒谱的一篇论文和一篇鼠疫菌基因分型的综述相呼应，从实用的角度简述了各基因分型技术在鼠疫菌研究中的应用。
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随着基因组学技术的发展，我们已经从过去对细菌部分基因信息分析时期阔步迈进对其全基因组的全局式分析的时代[1]。细菌的基因组千差万别，有些细菌基因组比较保守，我们称之为基因组单型细菌(genomically monomorphic pathogen, GMMP)，如鼠疫耶尔森菌(简称鼠疫菌)、炭疽芽孢杆菌等；有些细菌基因组有较多的插入序列，导致细菌基因组重排和保守性下降，称为基因组中度多态性病原(genomically intermediate diversified pathogen，GIDP)，如大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌等；还有些细菌基因组中含有大量的插入序列，这些基因组重组发生率很高，变异也大，称之为基因组高度重组细菌(genomically highly diversified pathogen, GHDP)，如副溶血弧菌、幽门螺杆菌等。本期同时发表了一篇鼠疫菌基因检测鉴定与分型的综述[2]和一篇质粒谱分析的文章[3]，从不角度探讨了鼠疫菌的基因分析的研究。目前发展的基因分析技术包括了解基因组部分信息的技术，如脉冲场凝胶电泳(PFGE)、PCR–酶切指纹图谱(PCR–RFLP)、荧光标记扩增片段长度多态性PCR(fluorescent amplified fragment length polymorphism，FAFLP–PCR)、随机PCR指纹图、差异区段(different region, DFR)分型、位点可变数目串联重复序列分析方法(multiple–locus variable–number tandem–repeat analysis，MLVA)、规律成簇的间隔短回文重复序列(clustered regularly interspaced short palindromic repeats，CRISPRs)、多位点序列分型(multilocus sequence typing, MLST)、单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms, SNPs)分型和基因组测序分型等[1]。
