分析长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)在肾透明细胞癌组织中的表达情况,并筛选出与肾透明细胞癌密切相关的lncRNA,探讨lncRNA在肾透明细胞癌诊断中的作用。
2012年3月至2013年6月收集40例肾透明细胞癌患者的新鲜癌组织及癌旁组织,Trizol试剂提取总RNA,用Nanodrop 1000及变性琼脂糖凝胶电泳进行RNA检测。通过Arraystar Human LncRNA Microarray芯片筛选肾透明细胞癌组织与癌旁组织中的差异表达lncRNA,采用实时定量PCR方法验证所筛选的lncRNA在40对肾透明细胞癌组织与癌旁组织中的表达情况,采用受试者工作特征(receiver-operating characteristic,ROC)曲线验证所筛选lncRNA的诊断效率。
与癌旁组织相比,在肾透明细胞癌组织中差异表达2倍以上的lncRNA有1 787个,其中941个表达上调、846个表达下调。实时定量PCR测定NR_034095、NR_038974、ENST00000571724及ENST00000566575的表达水平与基因芯片分析结果一致。NR_034095、NR_038974、ENST00000571724及ENST00000566575诊断肾透明细胞癌的ROC曲线下面积分别为0.928(95%CI 0.873~0.984)、0.759(95%CI 0.647~0.871)、0.833(95%CI 0.747~0.919)及0.887(95%CI 0.815~0.959)。
NR_034095、NR_038974、ENST00000571724及ENST00000566575在肾透明细胞癌组织和癌旁组织中差异表达显著,可能与肾透明细胞癌的发生、发展密切相关,有可能成为肾透明细胞癌分子诊断和基因治疗的新靶点。
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长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)是一类转录长度超过200 nt、不具有编码蛋白质功能的RNA,它以RNA的形式在多种层面上调控基因表达水平[1]。研究表明,lncRNA可以通过多种调控方式影响肿瘤细胞生长,参与细胞凋亡调控、肿瘤浸润与转移等过程,有可能成为新型的肿瘤标志物和肿瘤治疗靶点,具有良好的临床应用前景[2,3,4]。本研究通过lncRNA基因芯片技术研究肾透明细胞癌组织与癌旁组织的lncRNA表达谱,发现并筛选差异表达的lncRNA,并结合肾透明细胞癌组织与癌旁组织标本对筛选出的差异lncRNA进行验证,以探讨lncRNA在肾透明细胞癌诊断及治疗方面的作用,为后续深入研究提供实验基础及研究方向。