论著
唐山市甲型H1N1流感病毒血凝素基因序列分析
国际病毒学杂志, 2017,24(5) : 322-326. DOI: 10.3760/cma.j.issn.1673-4092.2017.05.008
摘要
目的

分析2010——2016年唐山市甲型H1N1流感病毒血凝素(hemagglutinin,HA )基因序列进化特征。

方法

选取唐山市3家哨点医院流感样病例分离到的24株甲型H1N1病毒,通过RT-PCR和测序方法获得HA基因的全长序列,运用分子生物学软件和统计学软件对序列进行拼接、比对和分析。

结果

同源进化分析显示,24株甲型H1N1流感病毒HA基因与疫苗株A/California/7/2009的核苷酸和氨基酸的同源性分别为97.0%~99.0%和97.0%~98.5%。进化分析显示,2010- 2016年唐山地区流行的甲型H1N1流感病毒属于1、7、6三个基因分支,其中6分支毒株分为6C、6B、6B.1和6B.2亚支。氨基酸位点分析显示,不同毒株与疫苗株比较存在8~16处氨基酸位点改变,其中7个变异涉及3个抗原表位:H138Q/Y和S203T突变位于Ca区,N125S、K153E、S162N、K163T/Q突变位于Sa区,S185T突变位于Sb区同时也位于受体结合部位;2015—2016流行季6B.1分支毒株抗原位点S162N突变增加了新的潜在糖基化位点。

结论

与疫苗株比较,随着时间推移唐山地区甲型H1N1流感病毒发生了抗原漂变,未来仍应关注6B分支流行株的变化。

引用本文: 刘丹, 刘振荣, 王建红, 等.  唐山市甲型H1N1流感病毒血凝素基因序列分析 [J] . 国际病毒学杂志,2017,24 (5): 322-326. DOI: 10.3760/cma.j.issn.1673-4092.2017.05.008
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1 材料与方法
1.1 毒株来源

对唐山市人民医院、唐山妇幼保健院和遵化市人民医院3家流感哨点医院流感样病例的咽拭子标本采用Real-time RT-PCR法检测病毒核酸,阳性标本接种犬肾细胞(MDCK),参照《全国流感监测方案》中的操作步骤进行病毒分离与鉴定。2010年10月—2016年3月流感季共分离到457株流感病毒,按照不同年份和不同医院(唐山市人民医院和唐山妇幼保健院毒株均命名路南株,遵化市人民医院毒株命名遵化株),随机选取甲型H1N1流感病毒株24株,进行核酸提取、扩增和测序,所有毒株均经国家流感中心复核确认。

1.2 HA基因扩增及测序

提取流感病毒RNA,采用QIAGEN公司(德国)的One-Step RT-PCR kit进行反转录聚合酶链反应(RT-PCR),反应体系50 µL:5xPCR buffer 10 µL、10 mM dNTP Mixe 2 µL、RT-PCR Enzyme Mix 2 µL、RNase Inhibitor 0.2 µL、上下游引物各1 µL、RNase Free Water 23.8 µL、模板10 µL;扩增条件:50℃ 30 min,95℃ 15 min;94℃ 30 s,50℃ 30 s,72℃ 1 min,共30个循环;72℃ 10 min。反应体系50 µL:5xPCR buffer 10 µL、10 mM dNTP Mixe 2 µL、RT-PCR Enzyme Mix 2 µL、RNase Inhibitor 0.2 µL、上下游引物各1 µL、RNase Free Water 23.8 µL、模板10 µL;扩增条件:50℃ 30 min,95℃ 15 min;94℃ 30 s,50℃ 30 s,72℃ 1 min,30个循环;72℃ 10 min;扩增引物参照文献[6],凝胶电泳检测,阳性PCR产物委托生工生物工程股份有限公司进行双向测序。

1.3 同源进化与氨基酸变异分析

采用DNA STAR 7.1和BioEdit v7.2.5软件对序列进行拼接和比对,保留1701 bp的ORF区域,去除1~51位核苷酸编码信号肽,对HA基因核苷酸和氨基酸序列进行同源性分析;利用NCBI的Basic Local Aligment Search Tool (BLADT)下载与国内外相似核苷酸序列,采用MEGA 6.06软件Neighbor Joining方法绘制核苷酸种系发生树,Bootstrap法(replication=1000)进行检验,以A/California/07/2009 (KC781785)为参照株结合文献[7,8]进行HA基因分型,利用NetNGlyc 1.0 Server (http://www.cbs. dtu.dk/services/NetNGlyc/ )分析糖基化位点。

 
 
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