手足口病是5岁以下儿童常见的传染病，肠道病毒71型(enterovirus 71，EV71)是导致其重症病例和死亡病例的主要病原体^[1]。重症患儿除了出现手足口病症状外，还可出现脑膜炎、脑炎、急性弛缓性麻痹等神经系统病变^[2]，病情进展迅速者可致死亡，极少数幸存者往往遗留不可逆的后遗症，严重威胁儿童健康。EV71流行病学、特异性抗病毒药物及疫苗研究是降低重症手足口病发病率和病死率的关键。因此，目前国内外学者对重症手足口病防治研究的重点及热点主要集中在以上方面。

近年来，随着贵州旅游业发展及外出务工人口增多，人员流动较大，EV71在贵州地区传播流行也呈现出上升趋势，有不少重症病例发生，时有死亡病例报道。为此，本地区很多学者对其临床流行病学展开了研究，在一定程度上对EV71预防起到了积极作用，但从分子水平研究流行病学尚少。由于EV71属于单股正链RNA病毒，基因组易发生突变，加之肠道病毒混合感染为基因重组创造了条件，这些均成为病毒变异的重要原因^[3]。因此，及时掌握贵州地区EV71病毒基因组变异特征及分子流行病学特点是预防重症手足口病流行的重要关键措施之一。本研究以此为切入点，对贵州各地区手足口病患儿分离到的17株EV71展开全基因组、同源性及遗传进化分析，为贵州地区重症手足口病防控提供分子流行病学参考，同时也为后续进一步针对本地区抗原表位多肽疫苗等实验研究提供基因参考序列。

手足口病是儿童最常见的传染病，自2008年卫生部将其列为法定报告管理的丙类传染病以来，手足口病一直是国内丙类传染病发病和死亡例数的首位^[5]。近年来，随着贵州人口流动频繁，贵州地区手足口病发病率一直居高不下，居全国前列，虽然其发病数在全国排位呈逐年下降情况，但死亡病例在全国排位却逐年上升^[6]，即使在2013年全国手足口病发病水平相对降低的情况下，贵州省手足口病重症数和死亡数亦明显增加，疫情相对较重^[7]。李法锦等^[6,8]研究指出，贵州地区手足口病重症病例和死亡病例多数是由EV71感染所致。EV71具有嗜神经性，部分患儿感染后可发生脑干脑炎、神经源性肺水肿等导致死亡^[9]，因此，开展EV71研究工作是降低本地区手足口病重症率和病死率的重要措施之一。有流行病学研究资料表明，不同地区、不同症状的病毒性疾病爆发可能与毒株间的差异等因素有关^[10]，且EV71病毒属于单核酸生物，其基因在遗传进化过程中由于环境、地域等因素影响，易发生变异产生新型毒株，导致疫情难以控制。因此，研究不同地域EV71病毒流行株的基因及遗传进化特征，掌握其分子流行病学特点，并针对此特点因地制宜地采取防控措施，对于控制EV71型手足口病疫情具有重要意义。

1984年，学者们开始了基于EV71病毒衣壳多肽序列分析的分子流行病学研究^[11]，目前主要研究内容已增加至VP1基因、VP4基因和5′UTR。根据EV71 VP1核苷酸序列不同，国际通用的基因型分类^[12,13]将EV71分为A、B、C 3个基因型，其中A型只包括原型株BrCr-CA-70一种类型，B型和C型又各分为B1～B5，C1～C5亚型，C4亚型包括C4a和C4b亚型两类。自1998年我国台湾疫情后，我国流行的基因型主要为C4亚型，但以2004年为界又被分为两个阶段，2004年之前，主要以C4b亚型为主导，2004年之后，以C4a亚型为主导^[14,15]，包括2007年山东临沂^[16]和2008年安徽阜阳^[17]爆发的大规模EV71疫情，提示C4亚型在我国传播虽然较稳定，但也存在着潜在进化趋势，需动态监测。本研究对贵州地区EV71全基因组、VP1及5′UTR同时进行遗传进化分析，均证实贵州地区流行的EV71基因型与国内其他地区一致，也为C4a亚型，暂未出现抗原转变及新亚型毒株输入，因此，目前其他地区针对EV71疫情制定的防治策略是可供贵州地区参考的，国家批准使用的EV71 C4亚型毒株灭活疫苗对贵州地区EV71型手足口病预防也是有作用的。但基于3个区域构建的进化树显示与贵州地区亲缘关系最近的毒株存在差异，提示EV71病毒基因组间各个区域的进化速率有所不同，需参考病毒的全基因组序列才能更加充分地体现病毒的遗传进化特点。

有学者研究指出，EV71全基因组的进化率约为(4.2～4.6)×10^－3替换/位置/年(substitutions per site per year)，相当于每年整个EV71基因组约有30个新突变^[3]；且毒株间存在基因重组现象，甚至有学者断言，几乎所有的EV71基因型均是由重组产生^[18]，刘爱平等^[19]学者就提出，2008年安徽省阜阳市发生的重大手足口病爆发疫情与EV71和CA16在3D区域发生型间重组有关。因此，仅仅通过病毒部分或结构蛋白基因区域来判断病毒遗传变异情况是片面的。本研究对17株基因型相同的贵州地区分离株进行全基因组分析，发现病毒全基因组多个基因片段存在不同程度的碱基或氨基酸变异，导致病毒基因多样性的发生，与其他地区不同基因型毒株进行全基因组同源性比较，结果显示贵州毒株与其他地区C4a亚型代表株同源性最高，达90%以上，其中与上海、深圳、重庆等南方地区流行毒株同源性高达96.5%以上，与北京、台湾地区代表株同源性则相对较低，提示目前贵州地区EV71毒株变异程度不大，暂未引起基因型别改变，但可能地区之间频繁的人员往来、相似的地域环境为病毒的传播创造了有利条件，导致毒株同源性出现地域差异，需警惕外来异型毒株的输入传播。同时，本研究17株分离株相互对比分析，出现了部分核苷酸同源性高于氨基酸同源性的现象，提示部分基因变异属于同义突变，并未引起氨基酸改变，少数导致氨基酸变异，与Tee等^[20]学者研究结果相符。基因重组和基因突变作为种系发生的两种潜在机制，虽然目前贵州地区EV71病毒尚未出现基因型改变，但仍需对其基因变异进行持续动态监测，警惕微小变异累积效应及关键基因突变、重组造成病毒变异，导致新型毒株聚集性爆发。

现今，贵州地区人口逐年增多，且气候温和，湿度大，给传染病的发生创造了客观条件；同时，纵观EV71病毒的遗传进化历史及进化率，目前流行的EV71病毒随时可能发生重要位点或多位点的累积突变及重组，导致新类型毒株产生，一旦该毒株获得进化优势，则可能会成为新的主导类型，导致手足口病临床症状与体征发生改变，使疫情难以控制；所以仍需密切关注贵州地区EV71病毒的流行情况，对其分子流行病学进行持续动态监测，控制手足口病流行期间的输入传播。无论如何，对重症手足口病主要病原体EV71的分子流行病学监测、分析及病毒毒力、致病机制研究仍将是攻克重症手足口病的重要方向。