感染与护理
新型16S rRNA基因芯片在新生儿败血症病原检测中的价值研究
中华新生儿科杂志, 2018,33(5) : 325-328. DOI: 10.3760/cma.j.issn.2096-2932.2018.05.002
摘要
目的

探讨新型16S rRNA基因芯片在新生儿败血症病原检测中的价值。

方法

选择2015年1月至2017年12月北京大学深圳医院新生儿科收治的疑似败血症新生儿为研究对象,对所有新生儿抽取静脉血分别用血培养和基因芯片法进行病原检测,比较两种方法检测的阳性率、检测所需时间和检测所需血量。

结果

共纳入306例疑似败血症新生儿,其中血培养阳性34例(11.1%),基因芯片法阳性54例(17.6%);98例诊断为新生儿败血症,其中血培养阳性34例(34.7%),基因芯片法阳性52例(53.1%),基因芯片法阳性率均高于血培养(P<0.05);基因芯片法对新生儿败血症5种常见病原的检出率高于血培养。血培养报阳时间为(14.6±5.5)h,鉴定病原时间为(72.9±19.0) h,基因芯片法报阳时间和鉴定病原时间均为3 h,基因芯片法检测病原所需时间明显短于血培养(P<0.001)。血培养耗血量1~2 ml,基因芯片法耗血量0.5 ml,基因芯片法耗血量少于血培养。

结论

与传统血培养相比,基因芯片法能快速检测血中病原菌,有较高的阳性率,并可减少采血量,通过不断改进与完善,在新生儿败血症诊断中有较大的应用价值。

引用本文: 胡晓艳, 徐颂周, 吴宇亮, 等.  新型16S rRNA基因芯片在新生儿败血症病原检测中的价值研究 [J] . 中华新生儿科杂志, 2018, 33(5) : 325-328. DOI: 10.3760/cma.j.issn.2096-2932.2018.05.002.
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新生儿败血症是新生儿期常见的感染性疾病,多起病隐匿,病情进展迅速,易引发严重并发症甚至死亡,早期诊断并明确病原是改善新生儿败血症预后的关键。血培养是诊断败血症的金标准,但血培养阳性率低、耗时长、需要较多血量,在新生儿败血症的诊断中存在很大局限性。本项目组针对血培养的不足,研发了一种基于病原菌16S核糖体核糖核酸(16S ribosomal ribonucleic acid,16S rRNA)基因的新型电化学基因芯片,并在新生儿败血症的病原检测中显示出较大优势,报告如下。

对象和方法
一、研究对象

选择2015年1月至2017年12月北京大学深圳医院新生儿科收治的疑似败血症新生儿为研究对象。疑似新生儿败血症定义为同时满足以下两条[1]:(1)具备新生儿败血症的易感因素(≥1条);(2)具备新生儿败血症的临床表现(≥1条)。本研究经北京大学深圳医院伦理委员会批准(2014118),入选新生儿家属均签署知情同意书。

二、方法
1.新生儿败血症诊断标准[1]

(1)确诊败血症:具有败血症临床表现并符合下列任一条:①血培养或无菌体腔内培养出致病菌;②如血培养出条件致病菌,则必须与另次(份)血、或无菌体腔内、或导管头端培养出同种病原。(2)临床诊断败血症:具有败血症临床表现且具备以下任一条:①非特异性检查≥2条;②血标本病原抗原或DNA检测阳性。

2.标本采集:

所有疑似败血症患儿均采静脉血1~2 ml用于血培养,同时留取静脉血0.5 ml用于基因芯片病原检测。血培养报阳时间从取血后开始计算,芯片法检测时间从标本处理开始计算。

3.血培养:

应用梅里埃BactAlert 3D血培养仪,培养24 h后应用VITEK 2 COMPACT细菌鉴定仪进行鉴定。

4.电化学基因芯片检测探针设计:

针对16S rRNA基因设计对应的捕获探针与检测探针,长度27~35 bp。其中捕获探针的3′端标记巯基HS,检测探针的5′端标记二茂铁分子Fc。检测探针包括两类:(1)通用探针:可检测所有细菌;(2)特异性探针:本研究设计了表皮葡萄球菌、无乳链球菌、金黄色葡萄球菌、大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌共5种新生儿败血症常见病原特异性探针。通用探针检测阳性提示检测到细菌,特异性探针检测阳性提示检测到相应细菌。

5.电化学基因芯片检测基因方法:

(1)聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)扩增:反应体系:DNA模板5 μl,上、下游引物各25 pmol,10×buffer 5 μl,25 mmol/L MgCl2 3 μl,2.5 mmol/L dNTP 4 μl,Taq DNA聚合酶4 U,加双蒸水至总体积50 μl。扩增条件:94 ℃预变性5 min,94 ℃变性30 s,58 ℃退火30 s,72 ℃延伸45 s,共40个循环,最后72 ℃延伸5 min。上游引物:5′-AGAGTTTGA-TCCTGGCTCAG-3′;下游引物:5′-GGTTACCTTGTT-ACGACTT-3′ 。(2)电化学检测:①芯片平衡:传感器芯片平衡至室温,解封后用超纯水侧向冲洗电极表面10 s,氮气温和吹干表面;②检测液预处理:取20 μl扩增回收产物置入EP管中,加入20 μl杂交液和5 μl检测探针混匀;③加样:取1 μl检测液滴涂于工作电极,完全覆盖;④杂交:用封口膜密封好传感器芯片,35 ℃水浴锅中杂交15 min;⑤检测:将芯片直接浸于新鲜检测缓冲液中,电极连接电化学工作站,起始电压-0.3 V,终止电压0.4 V,电压幅度0.004 V,正弦波幅度0.025 V,扫描速度0.02 V/s,频率250 Hz,连续扫描5次,读取电化学信号。

三、统计学方法

应用SPSS 22.0统计软件进行数据分析。符合正态分布的计量资料以±s表示,组间比较采用独立样本t检验;计数资料以例(%)表示,组间比较采用χ2检验。P<0.05为差异有统计学意义。

结果
一、一般资料

研究期间共收治疑似败血症新生儿306例,其中男175例(57.2%),女131例(42.8%);早产儿185例(60.5%),足月儿121例(39.5%);采血时日龄1 h~26 d;98例诊断为新生儿败血症。

二、两种检测方法阳性率比较

在306例疑似败血症患儿及98例诊断败血症患儿中,基因芯片检测阳性率均高于血培养,差异有统计学意义(P<0.05)。见表1。34例血培养阳性患儿均被诊断为败血症,54例基因芯片检测阳性患儿中52例诊断为败血症。

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表1

血培养和基因芯片检测阳性率比较[例(%)]

表1

血培养和基因芯片检测阳性率比较[例(%)]

检测方法疑似败血症病例(n=306)诊断败血症病例(n=98)
血培养阳性34(11.1)34(34.7)
基因芯片通用探针阳性54(17.6)52(53.1)
χ25.3096.713
P0.0210.010
三、两种检测方法常见病原检出情况比较

34例血培养阳性患儿检出常见病原20例;基因芯片法通用探针检测阳性54例,其中特异性探针检测阳性32例,31例诊断为新生儿败血症;血培养阳性患儿基因芯片检测均阳性;基因芯片法检出常见病原的例数高于血培养。见表2

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表2

血培养和基因芯片法检出常见病原例数(例)

表2

血培养和基因芯片法检出常见病原例数(例)

病原疑似败血症病例(n=306)诊断败血症病例(n=98)
两者均阳性仅特异性探针阳性仅血培养阳性合计两者均阳性仅特异性探针阳性仅血培养阳性合计
表皮葡萄球菌8201082010
无乳链球菌63096208
大肠埃希菌24062406
肺炎克雷伯菌13041304
金黄色葡萄球菌30033003
合计20120322011031
四、两种检测方法检测时间及耗血量比较

基因芯片法报阳时间及鉴定病原时间均明显短于血培养,差异有统计学意义(P<0.001);基因芯片法耗血量明显少于血培养。见表3

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表3

两种方法检测时间及耗血量比较(±s)

表3

两种方法检测时间及耗血量比较(±s)

检测方法报阳时间(h)鉴定病原时间(h)耗血量(ml)
血培养14.6±5.572.9±19.01~2
基因芯片3.03.00.5
t12.40918.998
P<0.001<0.001

注:"-"表示未进行统计分析

五、基因芯片检测信号图

图1是基因芯片检测病原的信号图,A图为基因芯片未探测到电信号,提示未检测到病原,结果为阴性;B图为基因芯片探测到明显的电信号,提示检测到病原,结果为阳性。

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图1
基因芯片检测信号图:A. 阴性检测结果;B.阳性检测结果
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图1
基因芯片检测信号图:A. 阴性检测结果;B.阳性检测结果
讨论

新生儿败血症是病原菌侵入新生儿血循环并在其中生长繁殖所造成的全身性感染。最新发表的一篇系统综述显示新生儿败血症发病率约2.2%,病死率11%~19%[2]。2013年全球新生儿死因分析结果显示,新生儿败血症致患儿死亡占15.6%,其中晚发型败血症病死率达37.2%,占死因的第1位[3]。新生儿败血症若未得到及时有效治疗将导致严重并发症甚至死亡,因此尽快明确病原并进行针对性治疗是改善新生儿败血症预后的关键。

血培养是诊断新生儿败血症的金标准,但其阳性率低、耗时长、需要血量多。近年来,分子生物学检测在新生儿败血症中的应用引起了国内外学者的重视,16S rRNA基因检测应用于新生儿败血症的早期诊断取得了令人鼓舞的结果[4,5]。该方法仅需2~3 h就能检测出血液中是否存在病原菌,还可鉴别细菌种类,为新生儿败血症提供了早期、敏感的病原学诊断依据。本研究采用的基因芯片技术就是基于细菌16S rRNA基因的检测技术。

基因芯片技术是将大量探针分子固定于支持物上,然后与标记样品分子进行杂交,通过检测每个探针分子的杂交信息强度获取样品分子的数量和序列信息,经典荧光基因芯片技术应用较广。童美琴等[6]研究结果显示,基因芯片技术能快速诊断新生儿败血症,较血培养有更好的敏感性和特异性。杨祖钦等[7]应用16S rRNA基因芯片技术检测脑脊液中的细菌,结果显示该方法特异性强、敏感度高,需要标本量少,有较好的应用价值。近年电化学基因芯片技术发展迅速,与传统荧光基因芯片技术相比,其操作简单,对检测环境要求低,检测一个样本中的多种细菌只需一份检测试剂和一个检测芯片,不需批量检测,而且检测病原敏感度高,可实现高通量、低成本检测,可用于感染性疾病的早期诊断[8,9]

本研究将电化学基因芯片技术用于新生儿败血症的病原检测,设计了针对所有细菌的通用探针和针对表皮葡萄球菌、无乳链球菌、金黄色葡萄球菌、大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌等我国新生儿败血症常见病原[10,11]的特异性探针,结果显示,与血培养相比,电化学基因芯片技术检测阳性率高、耗时短、需血量少。血培养阳性率低是新生儿败血症诊治中的一大难题,近年一项系统综述数据显示,我国疑似败血症的新生儿血培养阳性率约14%[12]。本研究对306例疑似败血症患儿的血液样本进行检测,血培养阳性率11.1%,但基因芯片通用探针检测阳性率可达17.6%;对于已诊断新生儿败血症的病例,血培养阳性率为34.7%,基因芯片通用探针检测阳性率达53.1%;基因芯片特异性探针共检出32例常见病原阳性,而血培养仅检出20例。电化学基因芯片法可将生物化学反应信号转化成可检测的电信号,大大提高了检测灵敏度,而且检测结果更直观,结果更容易判读。血培养耗时长,鉴定病原一般需要2~3 d,基因芯片法鉴定病原仅需3 h,大大缩短了诊断时间,赢得了早期针对性治疗的宝贵时机。研究显示,血培养阳性率与采血量成正相关,血标本量由1 ml增加至3 ml,血培养阳性率由30%~40%增加至70%~80%[13]。一般认为新生儿血培养采血量最少1 ml[14],且建议从不同部位采双份血以提高血培养的准确性[15]。但新生儿尤其是小早产儿血容量小,取血困难,不能耐受多次多量采血。电化学基因芯片技术仅需0.5 ml血即可完成病原菌检测,在新生儿败血症的病原检测中有很好的应用前景。

虽然基因芯片法在新生儿败血症病原检测中存在上述优势,但因为还在研发阶段,也有一定的局限性:(1)血标本的前期处理相对复杂,需要专门的分子生物学实验室进行操作;(2)一次性检测细菌的通量有限,需对每个待检细菌设计特异性探针序列,且由于检测芯片的工作电极有限,只能一次性对几种常见菌进行检测;(3)由于未知细菌的16S rRNA基因序列无法确认,因此无法设计特异性探针进行捕获和检测。改进措施:(1)通过优化电化学基因芯片灵敏度,在未来可无需PCR扩增过程,直接对细菌16S rRNA进行检测;(2)优化捕获探针和检测探针的设计,可在芯片上进行更多种类细菌的检测。

综上所述,基因芯片法可快速、灵敏地检测血液中的细菌,且耗血量少,将该方法不断改进与完善,有望成为新生儿败血症早期诊断的重要检测方法。

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