病原微生物菌（毒）种［以下简称菌（毒）种］作为支撑科学研究的重要实验材料，具有资源性和安全性双重属性。在充分利用其生物资源属性的同时，如何兼顾其生物安全属性，确保安全、规范使用菌（毒）种尤为重要，也越来越受到国际各相关领域的广泛关注^［1］。近年来，我国《病原微生物实验室生物安全管理条例》《中华人民共和国传染病防治法》《中华人民共和国生物安全法》先后发布实施，有力推动了病原微生物资源平台建设，进一步强化了菌（毒）种在国家科技创新中的重要支撑作用。为进一步规范科学研究中菌（毒）种使用，不断提升我国菌（毒）种对生物安全科技创新战略保障和支撑水平，国家病原微生物保藏中心/国家病原微生物资源库组织病原微生物资源保藏、传染病防控、实验室生物安全、学术出版等领域有关专家编写了《科学研究中规范使用病原微生物菌（毒）种专家共识》（简称共识）。

1. 共识适用范围：本共识中的菌（毒）种范围是全国各级各类病原微生物菌（毒）种保藏机构，以及涉及病原微生物菌（毒）种研究、教学、检测、诊断、研发等相关活动的机构中，从保藏机构获得、使用的可培养的，人间传染的病毒、细菌、真菌、立克次体等具有保存和使用价值的，经鉴定、分类并给予固定编号，对科学研究结果和安全具有重要影响的病原微生物。因此，共识从保藏机构和使用者两个方面和角度，提出了科学研究中规范使用菌（毒）种的6个方面23点共识。

2. 共识编写原则与方法：共识编写专家组成员涵盖病原微生物资源保藏、传染病防控、实验室生物安全、学术出版等相关领域，具有学科代表性以及专业覆盖面。在共识编写过程中，起草组遵循科学性、权威性、实用性原则，参照世界卫生组织指南编制手册规范，采用文献调查法对国内外权威数据库、相关标准规范等进行筛选和分析，并基于专家论证等方式确认共识点纳入和排除标准后，围绕菌（毒）种使用的各环节和全过程，确定了共识框架和共识点。同时，在共识内容编写过程中，参考了指南评价工具（AGREEⅡ）对方法学和共识内容质量进行评价，确保共识准确、可靠和适用。

1. 菌（毒）种是国家重要战略资源：菌（毒）种作为传染病防治研究的重要基础材料和基本信息来源，是探究各类传染病发生发展和传播规律的重要载体，是重要战略资源^［2］。1980年，世界卫生组织宣布人类彻底消灭天花后，目前该病毒仍然保存在美国和俄罗斯^［3］。2022年，我国首个生物经济发展规划《“十四五”生物经济发展规划》中提出，要积极推进生物资源保护利用，加快建设菌（毒）种保藏等国家生物安全战略平台，为国家生物安全科技创新提供战略保障和支撑^［4］。

2. 菌（毒）种是重要实验材料：菌（毒）种被广泛应用于药物筛选、疫苗研发等领域。以新型冠状病毒（简称新冠病毒）为例，新冠病毒肺炎疫情暴发后，我国率先分离到新冠病毒，使我国疫苗研发工作一直处于国际前列^［5］。同时，通过国家保藏与共享机制，为新冠病毒诊断试剂研发、药物筛选和动物模型建立等重要科研活动提供了资源基础^{［6, 7, 8, 9］}。此外，大肠埃希菌、金黄色葡萄球菌、脊髓灰质炎病毒疫苗株等作为药械的消毒灭菌与生物安全防护效果评价指示微生物，广泛应用于消毒效果评价中^{［10, 11］}，为疫情防控提供了重要科技支撑。

3. 菌（毒）种质量直接影响科研结果的准确性：科研过程中，如果使用的菌（毒）种有误或存在污染，将对实验结果造成严重影响，甚至导致错误的实验结论^［12］。作为评价化合物致突变性的经典方法，细菌回复突变试验（Ames试验）中使用的标准株如果反复传代和使用，将造成菌株的活性和自发回变数与原代菌株较大差异，尤其是对TA97a菌株的活性影响将导致自发回变数下降，出现不可预测的假阳性或假阴性结果，从而影响实验结果的准确性^{［13, 14］}。此外，菌（毒）种资源所对应的信息准确、完整与否，对科研结果也会产生重要影响。

4. 规范使用是确保实验室生物安全的基础：因操作不当，造成病原微生物泄露是引起实验室获得性感染的主要原因^［15］。此外，因管理不当，造成菌（毒）种丢失和遗漏，引起社会的恐慌和不安，也是实验室生物安保重点关注的焦点。2014年4月，法国巴斯德研究所遗失严重急性呼吸综合征（SARS）病毒样本^［16］；同年7月，美国食品和药物管理局一实验室，发现了可能是20世纪50年代遗失的天花病毒样本^［17］；2021年，在美国默沙东公司费城城外的一家疫苗工厂内，再次发现标记为“天花”的玻璃瓶^［18］。这几起典型案例为菌（毒）种使用不规范可能带来的安全问题敲响了警钟。

1. 使用来源于保藏机构的菌（毒）种：人间传染的病原微生物菌（毒）种保藏机构是由国家卫生健康委指定的，依法承担菌（毒）种保藏任务的专业化机构。在规范化开展收集、鉴定、编目、保藏等基础上，按照《可感染人类的高致病性病原微生物菌（毒）种或样本运输管理规定》等文件要求对外提供病原微生物，确保其质量稳定、来源合法合规，是保藏机构的重要核心职能。目前，我国已建立了以国家病原微生物保藏中心为核心、分中心和专业实验室为基础的国家保藏网络，并制定了菌（毒）种保藏管理手册、程序文件、标准操作程序（SOP）、记录表格等生物安全和质量控制制度，为对外提供高质量材料奠定了基础和保障^［19］。

2. 通过签订协议共享菌（毒）种：共享协议作为获取和惠益分享菌（毒）种资源的重要载体，是当事双方约定资源获取、研究、知识产权、转让、商业化和惠益分享等权利义务的合同^［20］。通过协议，明确菌（毒）种所有权、衍生物及数据所有权、使用范围、收益比例、纠纷解决和法律依据等权属问题，是确保使用过程中合法合规的基础。同时，应处理好提供方、保藏方和使用方等各方利益，并针对菌（毒）种共享的特点和不同的共享方式，建立个性化共享协议，满足实际需求。

3. 推动菌（毒）种惠益分享：公平公正分享因利用遗传资源所产生的惠益是《生物多样性公约》，以及《名古屋议定书》的核心目标之一^{［21, 22］}。推动菌（毒）种惠益分享，是保护生物多样性、促进科学研究进步、推动传染病防治领域科技创新、为全球抗疫提供支撑的重要举措。目前，已基本形成了以公益性为基础、以尊重提供方利益为原则、以分级注册管理为模式、以分类共享为依据的菌（毒）种获取和共享原则^［23］。国家病原微生物资源科技资源共享服务平台（www.nprc.org.cn）也已建立了统筹协调、规范标准、整合共享为基础的管理模式与运行机制，具备了开展病原微生物惠益分享的基础和条件^［24］。

1. 菌（毒）种使用必要性评估：保藏机构所保藏的菌（毒）种资源虽种类数量丰富，但考虑到资源的有限性及稀缺性，科学研究中如需使用菌（毒）种，保藏机构和申请使用方均应对其使用必要性及所需菌（毒）种的使用类别进行评估。同等条件下，优先保障国家重大项目所需菌（毒）种的使用。此外，建议优先选用核酸片段与包装蛋白形成的复合体等假病毒替代方式开展相关研究，降低实验活动中的生物安全潜在风险^{［25, 26］}。保藏机构和申请使用方都应将使用菌（毒）种的必要性评估纳入审核和管理体系，减少非必要使用菌（毒）种和高致病性菌（毒）种的频率和数量，依法防范并共同降低生物安全风险。

2. 动态开展菌（毒）种使用风险评估：风险评估是由风险识别、评估和控制等相关环节组成的动态过程，是降低菌（毒）种使用过程中生物安全风险的基础工作，是病原微生物实验室安全管理体系中的核心内容^［27］。使用方应基于实验活动类型、菌（毒）种使用剂量等不同风险，建立健全病原微生物实验活动相关的生物安全管理体系，确定活动开展所需设施设备条件和人员能力要求，并及时调整相应操作规程和应急预案，在运行中持续改进，确保使用过程安全，避免安全事故的发生。

3. 使用方应具有相应级别的生物安全实验室：《中华人民共和国生物安全法》第五章第四十五条明确规定，根据对病原微生物的生物安全防护水平，对病原微生物实验室实行分级管理。低等级病原微生物实验室，不得从事国家病原微生物目录规定应当在高等级病原微生物实验室进行的病原微生物实验活动。在开展病原微生物实验之前，应确保本机构具有相关主管部门审批的具有从事该类病原微生物实验所需级别的生物安全实验室。

4. 使用方应制定生物安全体系文件：使用方应建立生物安全管理手册、程序文件、SOP、记表表单等体系文件。其中，SOP应包括技术原理、仪器设备、试剂耗材、详细操作步骤、记录、结果报告和安全提示等部分，且应不低于权威部门推荐的操作规程或技术标准的要求^［27］。需要特别强调的是，生物安全柜、压力蒸汽灭菌器等关键防护设备的正常运行及对实验人员的保护是建立在正确的操作技术方法基础上。

5. 使用方实验室应具有人员准入及培训制度：为保证科研实验活动的顺利展开，应制定实验人员准入制度，在核查相应从业资质的同时，加大SOP等培训力度。配备相应防护功能的个体防护设备，并做好个人防护装备使用过程中的安全有效评价，既要避免防护不到位，又要避免防护过度^［28］。同时，基于风险评估的动态结果，及时调整操作规程，并对实验人员开展培训。充分发挥实验室各级管理人员和研究人员的主观能动性，建立生物安全文化，保障科学研究中的实验室生物安全。

1. 控制菌（毒）种传代频次：对传代次数进行控制，是菌（毒）种质量控制的基本要求。不同组织机构对可接受的传代次数的要求存在差异。美国药典（USP）建议使用种子批系统来维护实验室中的菌（毒）种，应尽量减少传代数，以尽可能降低表型变异、遗传突变和污染的可能性，部分标准要求从保藏机构获取的菌（毒）种传代不能超过5代^{［29, 30］}。美国临床实验室标准化协会（CLSI）-M22-A3要求不能超过7代^［31］。美国典型培养物保藏中心（ATCC）则建议不超过5代。《中国药典》规定，用于检定的菌种传代次数不得超过5代（从菌种保藏机构获得的干燥菌种为第0代）^［32］；用于疫苗生产的菌（毒）种，应建立种子批系统，并尽量减少传代次数，根据相关要求进行传代次数的限制管理^［32］。建议定期对所使用或保藏的菌（毒）种进行质量评价，一旦发现菌（毒）种污染和变异现象，应按照相应规定处理。

2. 通过表型分析方法对菌（毒）种的生物学特征进行分析：表型分析方法是进行菌（毒）种质控的基础，如形态学观察、生化鉴定和血清学鉴定等，是保藏机构长期使用的基本质控方法，可以直观描述菌（毒）种是否发生改变或变化的具体表象。区别于鉴定，菌（毒）种的质控更加需要关注细节，如细菌的生化表型分析，不应只关注最终的结果，而是要求每一个生化反应的结果在传代和储存过程中均不能发生改变。

3. 通过核酸分析方法对菌（毒）种的遗传变异进行分析：随着分子生物学技术及测序技术的日益成熟、稳定，基于核酸技术的脉冲场凝胶电泳（PFGE）、多位点序列分型（MLST）、多位点可变数目串联重复序列分析（MLVA）、全基因组序列分析等被广泛应用，特别是将其用于菌（毒）种的质量控制。此类方法能够及时发现尚未导致表型改变、但核酸已发生变异的情况，从而进行处置，避免因菌（毒）种变异而影响实验活动。

4. 通过蛋白分析方法对菌（毒）种特征性蛋白质指纹图谱进行分析：以基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（MALDI-TOF MS）技术为代表的蛋白分析方法，是近年来快速发展起来的一种微生物鉴定方法。该方法通过获取微生物的特征性蛋白质指纹图谱与数据库中标准图谱进行比较分析后确定结果。其优点是耗时短、结果稳定、重复性好，并可根据数据库进行精准鉴定和同源性分析。将其应用到菌种的质量控制中，更加拓展其应用范围，除鉴定和同源性分析外，使用该方法进行质控要更加关注特征峰是否一致，并应建立相应的质控数据库进行分析，以此作为质量是否稳定的判断标准。但该技术对于病毒的质控尚需深入研究。

5. 具有明确用途的菌（毒）种还应采用特殊的质量控制方法：对用于疫苗生产、药敏质控、消毒评价等用途的菌（毒）种还应有专门的质控要求，以明确菌（毒）种始终保持其特殊功能。疫苗生产的菌（毒）种要满足如感染性滴度、免疫原性检查、减毒特性等质控要求，采用《中国药典》方法进行质量控制；药敏试验对照菌种要保证每代次菌种的最小抑菌浓度在标准规定的范围内；消毒评价用菌（毒）种要能够达到标准要求的水平，用以评价相应消毒产品。

1. 学术期刊是规范菌（毒）种使用的重要途径：专业学术期刊作为科研成果的重要展示和发布平台，对科学研究中资源的识别和标准化报告生物样本信息可提供规范化指导^［33］。国际知名学术期刊，如《细胞》（Cell）杂志研究资源标识符（RRID），通过对研究中的关键材料和方法提供独特的可搜索标识符，使期刊发表的结果具有再现性和可溯源性^［34］。《自然》（Nature）和《科学》（Science）杂志均在投稿指南中提到，为了提高使用生物标本（如病原微生物）的研究质量，以详细、准确和标准化的方式报告生物样本的信息至关重要^{［35, 36］}。为读者（研究人员）或监管机构提供详尽和标准化的信息，以便更好地评估、解释、比较和再现实验结果，同时也是对患者或贡献者的尊重。美国微生物协会（ASM）旗下的期刊在投稿指南中，要求使用的微生物或样本必须有明确的背景信息、保证微生物或样本的真实性和信息的完整性。分析和研究微生物或样本基因组信息的文章，在稿件接收时，所使用的微生物或样本的背景信息，应提交到国际公认的数据库中，并获得微生物或样本在数据库中的唯一编号。

《国际系统与进化微生物学杂志》（IJSEM）作为微生物系统分类的国际权威期刊，依照《国际细菌命名规则》（ICNB）提出合格发表（valid publication）的要求，原核生物的新种必须经IJSEM发表描述，并且新种的模式菌株实物在至少两个国家的国际认可的菌（毒）种保藏机构保藏，并获得保藏编号，列入有效清单（validation list）才被认可为合格发表，其命名才能正式被认可^［37］。自2018年起，IJSEM对新种的发布还要求提供基因组测序数据。因此，研究者对涉及到的菌（毒）种新种或新型别，应保存在有资质的病原微生物菌（毒）种保藏机构，并按照保藏机构的要求，提供该菌（毒）种完整的信息数据，包括该菌（毒）种的基因组测序数据。

2. 逐步规范学术期刊稿约中菌（毒）种使用要求：目前，国内多数科技期刊的投稿指南中，对涉及菌（毒）种的使用和描述上，普遍缺少明确的要求。因此，《中华医学杂志》《生物安全与健康杂志（英文）》《国际病毒学杂志》《中国疾病预防控制中心周报（英文）》《感染医学（英文）》《中华实验和临床病毒学杂志》《中华微生物和免疫学杂志》等杂志联合倡议，参考国际知名期刊经验，以及病原微生物菌（毒）种保藏数据描述通则^［38］和保藏编号规则等相关规范，对期刊稿约中有关实验材料（包括病原微生物）的使用提出具体要求，注明使用的菌（毒）种的名称、提供菌（毒）种保藏机构的名称、保藏编号等详尽数据信息，确保来源合法合规，并能够重复再现实验结果。

3. 在投稿文章中应提供足够的数据来支持菌（毒）种的来源、保藏等详尽的数据信息：当研究涉及菌（毒）种时，建议作者在文章的“材料与方法”部分，规范标注菌（毒）种的来源机构和保藏编号，可描述为：“本研究所用菌（毒）株来源于XX机构，保藏编号为XXX”“本研究分离菌（毒）株已提交XX机构审核，并获取编号为XXX”等。对于研究者发现的新种或新型别，除了在文章的材料和方法部分说明上述菌（毒）种的相关信息外，在文章的结果部分，应提供基因组测序数据或其在公共数据库中的链接。为保证数据的任何版权和其他所有权属于数据的提供者，数据使用者应在其完成的研究成果中公开致谢，说明数据的所有者和数据的提供者。

1. 应建立菌（毒）种使用后销毁制度：菌（毒）种使用单位，在严格遵守相关法律法规的前提下，应建立实验室废物管理制度，特别是对于高致病性病原微生物菌（毒）种，应建立安全可靠的消毒处理方法。2021年版《医疗废物分类目录》将病原微生物实验室废弃标本、菌（毒）种归类为感染性废物，并进一步明确了收集方式及处理办法，要求“应在产生地点进行压力蒸汽灭菌或者使用其他方式消毒，然后按感染性废物收集处理”。各实验室应根据实验用菌（毒）种的特性制定消毒灭菌的具体操作方法，并在实验室明显位置张贴实验废物分类收集方法的示意图或文字说明^［27］，按规定要求监督消毒灭菌等安全处置活动过程的实施，监测消毒灭菌等安全处置措施的有效性。

2. 非保藏机构在使用后应将菌（毒）种销毁或返回保藏机构：基于菌（毒）种本身涉及的生物资源和生物安全双重属性，且同时涉及菌（毒）种提供方、保藏方、使用方三方权益。我国和国外各保藏机构或组织均对共享的菌（毒）种有明确权属界定。按照我国《人间传染的病原微生物菌（毒）种保藏机构管理办法》（原卫生部令第68号）规定，非保藏机构实验室在从事病原微生物相关实验活动结束后，应当在6个月内将菌（毒）种或样本就地销毁或者送交保藏机构保藏。从事医疗卫生等相关工作，可以保管其工作中经常使用的菌（毒）种或样本，其保管的菌（毒）种或样本名单应当报当地卫生行政部门备案，但涉及高致病性病原微生物及行政部门有特殊管理规定的菌（毒）种除外。

3. 使用方无授权不得将菌（毒）种转赠其他单位：ATCC，德国微生物和细胞培养保藏中心（DSMZ），英国典型微生物保藏中心（NCTC）规定，当使用者从这些保藏中心购买菌（毒）株后，保藏中心在协议中明确，在没有得到保藏中心书面授权的情况下，购买者不得将从保藏中心获得的菌（毒）种以任何形式提供给第三者^［39］。这是基于《生物多样性公约》的精神和原则，就菌（毒）种的提供与利用达成的协议和承诺^［22］。国家病原微生物保藏中心/国家病原微生物资源库对外共享协议也明确规定，未经授权，不得将菌（毒）种或其子代、组成、研究数据等转让给任何第三方。

科学研究中规范使用病原微生物菌（毒）种专家共识编写组

组长：魏强（中国疾病预防控制中心国家病原微生物保藏中心/国家病原微生物资源库）；卢凡（科学技术部国家科技基础条件平台中心条件与创新支撑处）；武桂珍（中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所）

执笔专家：魏强（中国疾病预防控制中心国家病原微生物保藏中心/国家病原微生物资源库）；王多春（中国疾病预防控制中心传染病预防控制所）；徐潇（中国食品药品检定研究院生物制品检定所）；唐浏英（中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所）

共识专家组（按姓氏汉语拼音排序）：毕玉海（中国科学院微生物研究所）；曹玉玺（中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所）；邓菲（中国科学院武汉病毒研究所）；高虹（中国医学科学院医学实验动物研究所）；顾华（浙江省医学科技教育发展中心）；郭丽（中国医学科学院病原生物学研究所）；韩辉（中国海关科学技术研究中心）；韩俊（中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所）；侯雪新（中国疾病预防控制中心传染病预防控制所）；胡孔新（中国检验检疫科学研究院卫生检验与检疫研究所）；江永忠（湖北省疾病预防控制中心卫生检验检测研究所）；姜孟楠（中国疾病预防控制中心国家病原微生物保藏中心/国家病原微生物资源库）；金辉（郑州大学基础医学院）；柯昌文（广东省疾病预防控制中心）；李启明（国药中生生物技术研究院/新型疫苗国家工程研究中心）；李筱芳（中国医学科学院皮肤病研究所）；李振军（中国疾病预防控制中心传染病预防控制所）；刘维达（中国医学科学院皮肤病研究所）；刘玉琴（国家生物细胞资源库/中国医学科学院基础所）；刘中华（江苏硕世生物科技股份有限公司）；卢凡（科学技术部国家科技基础条件平台中心条件与创新支撑处）；吕相征（中华医学会杂志社）；马春涛（中国疾病预防控制中心性病艾滋病预防控制中心）；梅嬛（中国医学科学院皮肤病研究所）；任丽丽（中国医学科学院病原生物学研究所）；隋志伟（中国计量科学研究院科技管理部）；孙宇（清华大学出版社）；谭枫（中国疾病预防控制中心学术出版管理处）；唐浏英（中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所）；万康林（中国疾病预防控制中心传染病预防控制所）；王多春（中国疾病预防控制中心传染病预防控制所）；王放（吉林大学基础医学院）；王光跃（万方医学网）；王全意（北京市疾病预防控制中心）；王雅杰（首都医科大学附属北京地坛医院检验科）；王亚文（西安交通大学第一附属医院检验科）；王衍海（中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所）；魏强（中国疾病预防控制中心国家病原微生物保藏中心/国家病原微生物资源库）；武桂珍（中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所）；徐潇（中国食品药品检定研究院生物制品检定所）；杨信怡（中国医学科学院医药生物技术研究所）；张青雯（青海省地方病预防控制所鼠疫菌专业实验室）；赵元元（中国疾病预防控制中心国家病原微生物保藏中心/国家病原微生物资源库）；郑彬（中国疾病预防控制中心寄生虫病预防控制所）；周宇光（中国科学院微生物研究所）