随着基因测序技术的迅猛发展,数千种微生物已经完成了全基因组测定,人类从而能够更加深入地认识和了解各种微生物,尤其是百日咳鲍特菌这种基因组高度保守的单形病原菌.目前,GenBank数据库中收录了2株完成全基因组序列测定和注释的百日咳鲍特菌的全基因组数据,即2003年公布的20世纪50年代分离自日本的百日咳疫苗株Tohama Ⅰ全基因序列(NC002929.2)[1]和笔者所在实验室2011年分析完成的中国无细胞百日咳疫苗株CS株全基因组序列(CP002695.1)[2],以及6株荷兰分离菌株的重测序分析结果[3].然而,如何解读这些海量的遗传密码所赋予的生物学意义,从而在全基因组的规模上了解DNA分子的演进过程及其规律,是一件富有挑战性的工作.为此,研究人员通过不同分子生物学技术进行百日咳鲍特菌的比较基因组学研究,并对本国临床分离株进行分子流行病学分析,积极探索百日咳鲍特菌的致病性、分子流行趋势及遗传进化机制,从而为百日咳分子流行病监测、新疫苗研制及诊断靶标的筛选等工作提供科学的指导意义.笔者就近些年国内外百日咳鲍特菌分子进化和分型的研究进展进行综述。