分析明确上海市闵行区2013—2014年水痘突破性病例致病水痘-带状疱疹病毒流行株的基因特征。
采集闵行区2013—2014年水痘暴发点水痘罹患者水痘疱疹液，提取水痘病毒基因组DNA，对其ORF22和ORF62区域进行测序，并利用生物信息学方法对ORF22和ORF62序列特征进行分析。
上海市闵行区2013—2014年水痘暴发疫情中采集并测序成功的24份样本经分析表明均为野生型水痘病毒株，其中23株与亲本株(P-Oka)和疫苗株(V-Oka)同源性较高，推测为野生型J基因水痘病毒株，1株基因型介于M型和E型间，与mosaic(M)CA123株(M1)同源性更高，推测其可能为野生型M1基因水痘病毒株。
上海市闵行区流行的水痘病毒株主要为野生型J基因病毒株，也有M基因型和其他基因型局部流行。同为J基因型的不同野生型病毒株的基因间也存在一定变异。这些非疫苗保护基因型水痘病毒株的存在及流行可能是水痘突破病例产生的原因之一。
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水痘(varicella)是一种由水痘-带状疱疹病毒(varicella-zoster virus，VZV)引起的以发疹为特征，具有高度传播性的急性传染病。VZV属疱疹病毒科，为双链DNA病毒，全基因组包含71个基因，编码67个不同蛋白。VZV只有一个血清型，但基因序列上却存在多种差异[1]。Argaw等[2]曾对Oka疫苗株和其亲本毒株开放阅读框(open reading frame，ORF)62中序列的变异情况进行了鉴定，后来Loparev等[3]在这一基础上通过对ORF62序列中SmaⅠ位点数的鉴定，建立了一种新的区分VZV野生型病毒株(简称野毒株)和减毒疫苗株方法：疫苗株中有3个SmaⅠ酶切位点，野毒株中只有2个。随后，通过对ORF22序列的分析，李崇山等[4,5]鉴定了VZV的3个主要基因型：与欧洲参考株Dumasn几乎完全同源的毒株定义为欧洲E基因型；所有的日本分离株定义为日本J基因型，其与E基因型偏离最大；其余兼有E和J基因型的株型被定义为M基因型。M基因型在进一步的研究中还被划分成2种不同的基因型，从中国华南地区临床标本中检测到的VZV被定义为M2基因型，Schmidt-Chanasit等[6]对坦桑尼亚VZV流行株鉴定证实了M1基因型的存在。研究表明，VZV毒株基因型有地域分布特征，欧洲、美国、俄罗斯的亚洲部分和澳大利亚东部主要为E型株，热带地区如非洲、印度半岛、美洲中部和澳大利亚西部为M型株，J型株主要分布在日本。我国对VZV毒株基因型鉴定研究较少，目前已发现M型和E型，上海市疾控中心曾在一所学校水痘暴发疫情中分离到J型VZV毒株[4]。水痘传播性强，传播迅速，在世界范围内均有发病，极易在学校、幼儿园等集体机构造成暴发与蔓延。水痘发病后不仅会因其强传染性和全身症状而影响儿童的正常生活和学习，而且还会导致肺炎、脑炎等并发症。临床上水痘罹患后无特效治疗方法，目前水痘的主要预防方法仍为水痘疫苗的接种。
