在人体肠道内寄居着数以万亿的细菌，这些细菌组成人体最大的微生物群落，即肠道菌群，它与宿主作为整体一起参与或影响多种疾病的发生发展。本文着重阐述肠道菌群与消化系统疾病之间的关系，通过研究肠道菌群与这类疾病发生、发展之间的相互作用和影响，有助于临床工作者扩展对相关疾病病因病机的认识，拓宽对该类疾病的诊疗思维，从而更利于对患者的救治。(中华检验医学杂志，2018, 41：13－16)
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在人体肠道内存在约3 500种微生物，其中有1 000余种细菌，包括需氧菌和厌氧菌，其中厌氧菌占总数的90%以上，需氧菌主要包括：链球菌、肠球菌、肠杆菌、葡萄球菌等，厌氧菌主要包括有：消化链球菌、双歧杆菌、乳杆菌、梭菌属、真细菌属、韦荣球菌属、脆弱拟杆菌、普雷沃菌属等。这些需氧菌和厌氧菌在胃、空肠、回肠、结肠中的含量依次递增[1]，总数约3.8～4×1013，约等于人体细胞总数[2,3]，而其所含基因约为人体基因数量的150倍[4]。人类从出生后其肠道菌群就作为"调节宿主新陈代谢和免疫系统的器官"[5]。根据与宿主的关系，肠道菌群分为3大类：(1)益生/共生菌：是肠道的优势菌群，如各种双歧杆菌、乳酸杆菌等；(2)条件致病菌：为肠道非优势菌群，如肠球菌、肠杆菌，在肠道微生态平衡时是无害的，在特定的条件下具有侵袭性；(3)病原菌：近年来高通量测序技术在肠道菌群宏基因组学研究中已广泛应用，它能更准确、深入地分析肠道菌群结构组成、基因功能、代谢途径以及膳食、营养对肠道菌群的影响[6]。研究表明，肠道菌群有维持宿主肠道菌群平衡、调节肠道动力、提高免疫力、影响营养物质吸收等多种重要生理功能[7,8,9,10,11]，而饮食改变、肠道感染、压力、运动、使用抗生素、肿瘤治疗，甚至是分娩方式、进餐次数改变均可引起肠道菌群组成改变或易位，导致肠道菌群失调，有害菌或中间菌成为影响人体健康的致病菌[12,13,14]，进而诱发疾病或加重病情。同时，某些疾病在发生、发展、甚至治疗过程中也会造成肠道菌群结构改变，导致病情加重或不良反应发生[15]。随着近年来研究不断深入，许多疾病都被证实与肠道菌群失调有关，例如消化系统疾病、免疫系统疾病、代谢综合征等，甚至与肿瘤疾病[16,17]和艾滋病的进程都有密切关系。接下来将着重阐述肠道菌群与消化系统疾病的关系。
