骨髓增生异常综合征（MDS）是以一系或多系细胞发育不良导致造血功能受损为特征的克隆性造血性肿瘤。最近的研究发现约90%的MDS患者骨髓中携带体细胞基因突变，MDS患者有特定的基因突变谱，并可能在疾病进展和临床干预中发生改变。阿扎胞苷（AZA）是胞苷的5-氮杂类似物，可通过去甲基化的方式治疗高危MDS。为探索MDS患者在接受AZA化疗时的反应并预测其疗效，多个研究团队采用二代测序技术对患者治疗前后的连续样本进行基因检测，探寻基因突变的规律和克隆成分（肿瘤异质性）的演变，从而为临床治疗决策提供参考。现总结第58届美国血液学会年会中MDS患者AZA治疗过程中基因突变改变和克隆组成演变内容。

Mamila Polgarova等对38例接受AZA治疗的MDS患者样本进行临床研究。疾病亚型包括难治性贫血伴原始细胞增多（RAEB）-2（55%）、RAEB-1（24%）、MDS-急性髓系白血病（AML）（13%）。采用Illumina TruSight测序集合检测98份骨髓样本，分别在化疗前、化疗中、化疗后3个时间点，使用T细胞作为阴性对照，对SNV和InDels数据进行生物学分析。测序结果发现18个基因中的43个变异点发生在所有患者中，功能预测分析显示大多数变异（31/43）对氨基酸序列有中度影响，12个变异对蛋白结构有高度影响。变异等位基因频率（VAF）分析结果显示，上述突变的VAF大多数在1%范围，可能代表一些低增生潜能的克隆；8个基因（包含14个突变点）的VAF大于2%，其中突变频率最高的基因为TET2、STAG2、ASXL1，占患者的60%~80%。对患者治疗前后样本对比分析得出：VAF大于2%的变异一般表现为动态变化，而低增生克隆（VAF约1%）的变异则保持稳定。此外，分析发现某些基因，如ASXL1、STAG2、CUX1、BCOR、TP53、RUNX1等，在AZA治疗前存在，并在治疗中获得扩增优势，从而改变MDS的预后。该研究得出结论：在AZA治疗MDS的过程中，肿瘤细胞的基因突变处于一个动态变化的过程，尤其是那些VAF大于2%的变异（如TP53、RUNX1、CUX1、ASXL1、BCOR等）。

日本京都大学June Takeda团队对119例接受AZA治疗的高危MDS患者样本进行分子遗传学研究。样本包括71例患者治疗前的样本和48例患者治疗前及治疗后的样本。采用靶向捕获测序的方法检测样本中67个髓系肿瘤相关的基因，并对48例患者中9例治疗前和治疗后的样本进一步采用全外显子组测序（WES）分析。结果显示，AZA治疗前有109例（90%）患者存在多个基因突变，平均每个患者有2.8个驱动突变，突变中最常见的是TP53（27%），其次是RUNX1、TET2、ASXL1、DNMT3A。65例（55%）患者存在染色体异常，其中7q-或5q-最常见。对48例患者中存在一个或多个基因突变的46例患者的连续样本进行克隆动力学评估显示，治疗前和治疗后分别检测到163个和146个突变，其中治疗前的110个突变在治疗后仍能检测到，53个检测不到，表现出动态的克隆改变。22例样本中有36个突变是新发生的，而28例中53个突变是消失的。在这些新获得的突变中，最常见的是STAG2和EP300基因，其中STAG2在治疗后消失的突变中也是最常见的。9例患者的WES共检测到112个突变，平均每例患者在AZA治疗前和治疗后分别有10.4个和9.8个突变。其中，63个突变是在治疗前后都存在的，17个是新发生的，32个是消失的，这些突变中只有4个新生突变和8个消失突变通过靶向测序能够检测到，说明与靶向测序相比，WES对检测AZA治疗的克隆演变具有更高的敏感性。结合临床数据分析发现，克隆大小与药物临床反应通常相关。在完全缓解（CR）患者中显性克隆明显减小，而疾病稳定（SD）或疾病进展（PD）患者的克隆大小保持稳定或增加。在2例CR患者中，也发现频率较低的新生突变，提示CR患者中即使显性克隆大幅度减小，还是会有其他亚克隆进展或先前非白血病克隆的扩增，印证了MDS的克隆异质性。另外，研究还发现携带TP53突变的患者即使达到了CR，TP53突变仍能被检测到，因此AZA无法将TP53突变克隆完全清除。此研究的结论为：显性克隆大小变化与临床反应常常相关；即使在达到CR的患者中，克隆演变也是常见的；追踪MDS患者接受AZA治疗中的基因突变，可增加发现耐药克隆的机会，从而指导AZA的治疗。

加拿大Toronto大学的Taehyung Kim及其同事采用二代测序技术纵向研究MDS患者对AZA治疗的反应和向急性白血病进展的情况。此研究入组95例MDS患者（56例低危和39例高危），平均年龄为67岁，平均随访时间为747 d。对初诊和AZA治疗后2个时间点的285份骨髓样本进行靶向深度测序，检测84个髓系相关基因，平均测序深度为1205X，采用正常T细胞作为对照样本。结果显示68例患者样本发现176个突变，平均每例患者有2个突变。有25个基因最常发生突变，其中频率最高的是ASXL1（21%），其次是TET2（15%）、DNMT3A（11%）、SRSF2（11%）。根据肿瘤基因图谱（TCGA）AML研究将突变基因分为8组。突变最常见的是DNA甲基化（28.4%），其次是剪接体（25.2%）、染色质修饰（22.1%）、髓系转录因子（TF）（11.6%）、激活的信号通路（11.6%）、肿瘤抑制基因（12.6%）以及黏合复合物（6.3%）。通过评估VAF模式，发现药物反应组比非反应组的VAF有明显减低，多因素分析提示不同基因和组别中的突变负荷对AZA治疗、AML转化以及总生存率有不同的反应。活化信号通路中的基因突变与AML转化密切相关；携带SRSF2基因突变的患者对AZA治疗反应良好；肿瘤抑制基因和髓系转录因子基因突变是总生存率的不良预后因素。此研究结论表明：基因突变负荷的减低与AZA治疗反应相关；不同基因和组别中的突变负荷对临床有不同影响。使用NGS纵向追踪MDS患者的基因突变和克隆演变，可提高对AZA治疗反应的预测和向AML转化的早期检测。

通过总结第58届美国血液学会年会中3篇针对AZA治疗MDS患者的基因突变和克隆演变的研究，获得相似的研究结论：（1）接受AZA治疗的MDS患者中的基因突变和克隆演变处于一个动态改变的过程；（2）不同基因或不同组别基因的动态改变模式有所不同；（3）对AZA治疗反应良好的患者基因突变负荷或优势克隆大小将会减低，通常与临床反应相一致。（4）采用二代测序技术检测AZA治疗的MDS患者可为临床治疗决策提供参考价值。