早产儿肠道微生态因受到早产、缺氧、感染、医疗干预等因素影响，表现为定植延迟、菌量少、菌群多样性低、机会致病菌增多、真菌及病毒多样性增加^[7]。Zeng等^[8]总结了早产儿肠道微生物的特征发现，刚出生时早产儿肠道菌群多样性低，以厚壁菌门、拟杆菌门和变形菌门为主，随着年龄增长，前6个月群落优势菌群演变依次为葡萄球菌、肠球菌、肠杆菌、双歧杆菌4个阶段，在生长过程中，菌群丰富度和多样性逐渐增加，显示出区别于足月儿的分类菌群，第1年以乳酸杆菌和粪杆菌为主，第2年为链球菌，第4年则为肉杆菌、脱硫弧菌和芽孢杆菌属。

不同分娩方式决定了新生儿能否在分娩过程中大量获得母体微生物菌株，阴道分娩婴儿的早期微生物群中有74.39%来自母体微生物菌株，而剖宫产婴儿中只有12.56%^[9]。经阴道分娩儿主要接受母亲产道和肠道中的微生物群落，优势菌群为乳酸杆菌、双歧杆菌、普氏杆菌，而剖宫产儿主要接受母亲的皮肤表面、医护人员的手以及医院环境中的微生物，优势菌群为葡萄球菌、丙酸杆菌和棒状杆菌^[10]。

母乳中的双歧杆菌、乳酸杆菌、葡萄球菌等菌属能通过哺乳的过程而垂直传递给婴儿并成为优势菌群，母乳喂养儿比配方奶喂养儿含有更丰富的双歧杆菌，且一定程度上可对剖宫产出生后3个月内的婴儿肠道放线菌和双歧杆菌的恢复起到积极的作用。而配方奶喂养儿优势肠道菌群则为拟杆菌、肠杆菌及梭状杆菌，相对于母乳喂养儿，其肠道菌群种类繁多，即多样性较丰富^[11,12]。其次，母乳中含量丰富的母乳低聚糖，可作为益生元刺激双歧杆菌及乳杆菌的增殖与生长^[13]。另外，母乳中含有的生物活性成分能为肠道双歧杆菌、乳酸杆菌、拟杆菌等有益菌群的定植、生长创造有利条件，对有害菌群(兼性厌氧菌)肠道定植产生抑制作用^[14]。

国内调查发现，新生儿重症监护病房抗生素使用率高达93.59 %^[15]，但抗生素治疗并非百利而无一害，可引起肠道菌群生态失调，使肠道微生物多样性减低、潜在有益微生物枯竭、潜在有害微生物扩增、抵抗病原菌定植能力丧失，从而导致外源病原微生物定植并最终引起肠道感染^[16]，进而对宿主代谢和免疫造成影响。抗生素治疗对肠道微生态的负面影响与其类型^[17]、持续时间^[18]、剂量^[19]密切相关，另外，还可导致肠道细菌耐药基因的产生，更加破坏了肠道微生态平衡，如经过克拉霉素和甲硝唑治疗后，大环内酯类耐药基因表达明显增高，这种耐药性可持续数年之久^[20]。

目前认为在败血症发生前，肠道菌群组成、多样性以及代谢产物已发生了变化。一项前瞻性研究发现，发生LOS之前的早产儿肠道菌群特征为多样性持续降低至败血症发生，变形菌门和厚壁菌门(葡萄球菌)为优势菌；而接受预防性抗生素治疗未发生败血症的早产儿肠道菌群特点为厌氧表型菌群相对丰度增加，以梭状芽胞杆菌、克雷伯菌、韦荣氏菌为主^[22]。Graspeuntner等^[23]研究也发现早产儿LOS发生前肠道菌群失调，其特点是多样性发育较慢、芽孢杆菌丰度较高、缺乏发酵产物(如乙醇和甲酸)以及厌氧菌。疑似败血症经验性使用抗生素治疗会导致双歧杆菌属丰度降低，克雷伯菌属及肠球菌属丰度增加以及耐药菌的形成^[24]。细菌耐药可增加严重感染及败血症发生的风险，通过对7个低、中等收入国家中的新生儿败血症病原菌进行全基因组测序发现，所有病原菌都对多种抗生素耐药，且多重耐药的肺炎克雷伯菌和大肠杆菌在新生儿败血症病原菌中占有较高的比例^[25]。Carvalho等^[26]通过对新生儿败血症大样本肠道菌群的检测和耐药基因的识别，发现近一半的样本携带blaCTX-M-15样抗性基因。运用16S rRNA基因测序对7例LOS早产儿及28例健康对照早产儿(无LOS及坏死性小肠结肠炎)的粪便样本进行分析发现，LOS组缺乏双歧杆菌为优势菌的PGCT6型菌群，LOS组代谢产物如棉子糖、蔗糖、乙酸出现降低趋势，而对照组从第7天开始这些代谢产物一直保持高水平^[27]。

截止至2022年8月我国卫健委在《可用于婴幼儿食品的菌种名单》中公告了14个菌株，目前主要使用的益生菌有20多种，比如地衣芽孢杆菌、枯草杆菌、肠球菌、双歧杆菌、乳酸杆菌、酪酸杆菌、布拉氏酵母菌、蜡样芽孢杆菌等，这些菌株主要包含在厚壁菌门和放线菌门中，拟杆菌门、变形菌门里的益生菌还未被列入，其发展空间极大。另外，除了上述这些传统的益生菌，还有一类具有强大益生潜力的细菌，称为下一代益生菌，包括阿克曼氏菌、脆弱拟杆菌、柔嫩梭菌等，例如阿克曼氏菌是一种在肠黏液层稳定定植的肠道共生菌，可增加肠道黏膜厚度、增强肠道屏障功能^[41]，有助于改善肠道炎症^[42]和代谢紊乱(糖尿病、肥胖)^[43]。下一代益生菌在某些情况下被概念化为活体生物药，在治疗疾病方面具有广阔前景，但在使用时，还需考虑其是否造成感染及携带抗性基因^[44]。