呼吸道感染性疾病在儿童、老年人和免疫低下人群中发病率高，病死率高，病原学诊断极为关键。然而，呼吸道感染病原复杂，明确病原是临床的难点。传统的呼吸道病原检测方法包括涂片染色镜检法、微生物培养法、免疫学方法等。近几年，分子生物学检测方法包括聚合酶链反应（PCR）、实时荧光定量PCR（RT-qPCR）、多重PCR、宏基因组二代测序（mNGS）和靶向基因组测序（tNGS）技术逐渐兴起。每种检测方法各具其优势和不足，因此，临床医生应根据患者疾病病情、免疫状况及影像学表现，选择适当的检测方法，必要时联合多种检测手段进行相互验证，以便做出符合患者病情的正确诊断。
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呼吸道感染是临床上常见的呼吸系统疾病，是由病原微生物侵入机体呼吸道（鼻、咽、喉、气管、支气管及肺组织）引起的炎症病理改变［1］。其中，下呼吸道感染（lower respiratory tract infections，LRTI）对全球人类健康产生了重大威胁，尤其在儿童、老年人及免疫低下人群呈现较高的发病率和病死率［2, 3］。70岁以上老年人LRTI的病死率极高，每10万人中约有278.1人死亡［3］。LRTI病原体种类较多，涵盖细菌、真菌、病毒和寄生虫，单一病原感染或混合感染均可见［4］。近年来，肿瘤和器官移植患者增多，免疫抑制剂在临床上广泛应用，肺侵袭性真菌（如丝状真菌、隐球菌、肺孢子菌）、非结核分枝杆菌（Nontuberculous mycobacteria，NTM）感染的发病率有升高趋势，临床诊断存在困难。因此，快速明确呼吸道感染的病原至关重要。
