我国有病毒性肝炎及脂肪性、酒精性、药物性、免疫性肝病等患者逾一亿。部分患者会经历肝炎、肝硬化、肝癌"三部曲"。其中，肝硬化是由急慢性肝损伤所致的进行性肝病，包括酗酒、过度肥胖及肝炎病毒感染。失代偿期肝硬化预后较差，经常需要进行肝移植。肝脏通过肝门和胆汁分泌系统与肠道联系。肠道道微生态失衡可由于肠杆菌科细菌过度生长、内毒素产生增加和肠黏膜屏障功能受损，进一步发生细菌、内毒素易位，加重肝脏疾病的进展。

该研究收集了181份来自于中国人肠道菌群的样本，其中98份来自肝硬化患者，83份来自健康人群，用宏基因组学的研究方法，开展了肝硬化肠道菌群的深度测序及关联分析研究。本研究共获得269万个非冗余的人体肠道微生物菌群的基因集，建立了世界上首个肝病肠道菌群基因集，其中36.1%的基因为首次发现。通过结合Benjamini Hochberg的多重检验的Wilcoxon秩和检验用于确定肝硬化患者和健康人中丰度差异的基因。使用一个非常严格的阈值(FDR<0.0001)，发现75 245个基因，其中49 830个基因在肝硬化患者中富集，25 415个基因在健康人群富集。为了进一步探索与肝硬化相关的微生物基因，根据基因丰度表，进行聚类，表示为宏基因组物种(MGS)，在66个MGS中，38个在健康者中富集，28个肝硬化患者中富集，一些MGS在肝硬化患者中减少与疾病的严重程度成负相关。在肝硬化患者中富集的MGS中，有部分是来源于属于口腔菌的韦永氏球菌属(n＝8)或链球菌属(n＝6)，提示口腔共生微生物侵入到了肝硬化患者的肠道。入侵的外来物种不仅可能发生在结肠，还可能在回肠，并且助长了肝硬化相关的小肠细菌过度生长。在肝硬化患者中增多的物种是咽峡炎链球菌、非典型韦荣菌、殊异韦荣菌、韦荣菌属口腔类群和产气荚膜梭菌，已有报道称会引起机会性感染。

该研究同时阐明了粪便微生物群落及功能成分特征，从肠道菌群发生紊乱的角度揭示肝硬化发生和发展的机制。首次发现肝硬化患者口腔菌移位至肠道，这在肝硬化的发生和发展中或许起了重要作用。同时发现了15个高特异性和灵敏性的微生物基因，建立了预测疾病的模型，今后不仅有助于肝硬化诊断，还能用于肝硬化疗效的评估。