人葡萄膜黑色素瘤(UM)组织与正常组织中存在差异表达基因，但国外不同文献报道的结果不尽一致，而国内对人UM基因表达的改变及其相关的作用通路的研究较少。
应用基因芯片技术探讨人UM中差异表达的基因，分析差异基因参与的重要信号通路。
收集在北京同仁医院因原发性UM行眼球摘除并经组织病理学证实为梭形细胞型UM的组织标本4例，以正常供体葡萄膜组织作为对照组。利用Human Genome U133 Plus 2.0芯片技术筛查2种组织中基因表达的差异，并使用GOEAST富集分析软件对差异基因的重要生物学功能及参与的通路进行分析。
与正常的葡萄膜组织对比，人UM中有4 165个差异基因，占12.50%，其中包含1 236个上调基因和2 929个下调基因，分别占3.71%和8.79%。人UM组织中上调5倍或以上基因为113个，下调50%的基因为1 053个；上调10倍或以上的基因为21个，下调90%或以上的基因为422个；上调50倍或以上的基因为1个，下调98%或以上的基因为33个；上调100倍或以上的基因为1个，下调99%或以上的基因为5个。按功能学分类表明，差异表达基因中包括细胞分化与增生基因、发育相关基因、细胞黏附相关基因、免疫应答基因、调节转录基因、信号转导相关基因、凋亡以及抗凋亡相关基因等；差异表达基因参与的代谢通路涉及血管形成过程的代谢通路、细胞周期相关的蛋白激酶通路以及B淋巴细胞或T淋巴细胞的代谢通路等。
人UM组织与正常人葡萄膜组织中基因表达谱明显不同，这些差异表达的基因除参与血管生成、激酶通路等已知的UM发育有关的代谢通路外，还涉及免疫系统的变化。人UM的发生和进展是多种基因、多种通路共同作用的结果。
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葡萄膜黑色素瘤(uveal melanoma，UM)是成人常见的原发性眼内恶性肿瘤。UM主要见于脉络膜组织，少部分见于虹膜和睫状体组织，肿瘤细胞来源于原发组织的黑色素细胞，好发于50～80岁人群[1]，其恶性程度高，易发生转移，主要致死原因是肝脏转移。一项美国的随访研究发现，UM的发病率在1973—2008年无明显改变，放射治疗或其他保留眼球的疗法逐渐成为主要手段，但患者的5年生存率并无明显改善，提示UM的预后与治疗方法无关[2]。近年来随着分子生物学的迅速发展，已经发现在UM组织中有较多的突变基因，包括癌基因(如GANQ、BRAF[3,4,5])、抑癌基因(如BAP1[6])和肿瘤转移抑制基因(如LZTS1[7])等，但是这些基因的突变是否引起其他基因表达变化还不清楚。研究者根据原发性UM基因表达谱的差异将原发性UM分为低风险转移型(1型)和高风险转移型(2型)[8]，进一步研究证实UM瘤体基底部、顶部及周边的基因表达谱无明显异质性，并从基因表达谱中选出少数显著差异基因及稳定的正常基因，研发基于PCR技术的15个基因集合检测，以准确将肿瘤组织进行分型及预后评估[9]，但其使用的芯片是以往由美国Affymetrix公司制作的较老版本。本研究中利用美国Affymetrix公司最新的Human Genome U133 Plus 2.0基因表达谱芯片，以正常脉络膜组织为对照，对UM的基因表达谱进行研究，筛选相关差异基因，并采用基因本体学(gene ontology，GO)分析对基因组或转录组数据进行大规模的功能研究。
