论著
一个复合杂合突变导致的遗传性凝血因子V缺陷症家系
中华血液学杂志, 2021,42(2) : 135-139. DOI: 10.3760/cma.j.issn.0253-2727.2021.02.008
摘要
目的

探讨一个遗传性凝血因子Ⅴ(FⅤ)缺陷症家系的分子致病机制。

方法

DNA直接测序法分析先证者F5的全部外显子、侧翼序列、5′和3′端非翻译区及家系成员(共3代11人)相应的突变位点区域。通过CAT法检测凝血酶生成量;用ClustalX软件分析突变位点的保守性;用MutationTaster、PolyPhen-2、PROVEAN、LRT和SIFT等在线生物信息学软件预测突变位点对蛋白质功能的影响;用Swiss-PdbViewer软件分析氨基酸突变前后蛋白模型及分子间作用力的变化。

结果

先证者F5第8外显子存在c.1258G>T杂合错义突变(p.Gly392Cys)及第14外显子存在c.4797delG杂合缺失突变,导致框移并产生截断蛋白(p.Glu1572Lys fsX19);其祖父和父亲存在p.Gly392Cys杂合突变;其外祖母、母亲、小姨母和表妹均存在p.Glu1572Lys fsX19杂合突变。先证者凝血酶生成延迟和达峰时间比值明显增高。保守性分析结果表明,p.Gly392在10种同源物种中位于保守区域。五个在线生物信息学软件对p.Gly392Cys预测均显示为致病的突变,Mutation Taster对p.Glu1572Lys fsX19预测也显示为致病突变。蛋白模型分析显示,Gly392突变为Cys392后可导致原有氢键延长,并形成新的空间位阻,影响蛋白结构的稳定性。

结论

该家系F5第8外显子c.1258G>T杂合错义突变及第14外显子c.4797delG杂合缺失突变可能与该家系FⅤ水平降低有关。

引用本文: 郭跃丽, 孔万仲, 万箐, 等.  一个复合杂合突变导致的遗传性凝血因子V缺陷症家系 [J] . 中华血液学杂志, 2021, 42(2) : 135-139. DOI: 10.3760/cma.j.issn.0253-2727.2021.02.008.
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遗传性凝血因子Ⅴ(FⅤ)缺陷症是一种罕见的常染色体隐性遗传性出血性疾病,发病率约为1/100万[1,2]。主要表现为FⅤ活性(FⅤ∶C)降低以及轻重不一的出血或血栓形成,临床表现严重程度与F5基因突变的类型、数目、位点有关。轻至中度FⅤ缺陷症一般由杂合突变引起,通常无临床症状;重度FⅤ缺陷症一般由纯合子或复合杂合突变引起,临床表现为程度不等的出血(皮肤瘀斑、鼻出血、月经量过多、术后出血等)[3]。因此,分析FⅤ基因突变对遗传性FⅤ缺陷症具有重要意义。本文对1例遗传性FⅤ缺陷症患者及家系成员进行实验室表型和基因分析,初步探讨其分子发病机制。

对象与方法
1.家系资料:

先证者,女,27岁,汉族,浙江省瑞安市人,因先兆流产于2020年4月入住于我院中医妇科病房行保胎治疗。凝血常规检查发现血浆凝血酶原时间(PT)34.6 s(参考值12.5~14.5 s)、活化部分凝血活酶时间(APTT)103.9 s(参考值27.0~41.0 s),FⅤ∶C 3%(参考值86%~114%)、FⅤ抗原(FⅤ∶Ag)5%(参考值70%~140%),其他凝血指标无异常。先证者肝、肾功能正常,无明显自发性出血症状。家系其他成员均无自发性出血症状。家系图见图1

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图1
遗传性凝血因子Ⅴ缺陷症家系图
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图1
遗传性凝血因子Ⅴ缺陷症家系图
2.健康对照组:

选取110名体检健康者作为凝血表型指标对照,其中男76名,女34名,年龄21~48岁,无肝、肾功能异常,无出血及血栓史,无抗凝剂用药史,女性无口服避孕药。本研究通过本院伦理委员会批准(伦理2012-17),所有受试者均签署知情同意书。

3.标本采集与处理:

采集研究对象外周静脉血2.7 ml,用0.109 mol/L枸橼酸钠溶液1∶9抗凝,3 000 r/min离心15 min后,取上层乏血小板血浆用于凝血指标检测,下层血细胞用于基因组DNA抽提。

4.凝血指标检测:

PT、APTT、纤维蛋白原(FIB)、FⅤ∶C、凝血因子Ⅱ活性(FⅡ∶C)、凝血因子Ⅶ活性(FⅦ∶C)和凝血因子Ⅹ活性(FⅩ∶C)采用凝固法在法国Stago STA-R全自动血凝仪上测定(配套试剂由法国STAGO公司提供);FⅤ∶Ag采用酶联免疫双抗体夹心法(纯化的sheep anti-human FⅤ IgG由加拿大Cedarlane Laboratories Limited公司提供)。

5.外周血基因组DNA提取:

选用酚-氯仿法提取先证者及家系成员的外周血基因组DNA,并用DU800核酸蛋白分析仪检测所提取基因组DNA的浓度和纯度(基因组DNA提取试剂盒由北京天根生化公司提供)。

6.引物及PCR扩增:

根据F5基因序列(GenBank:AY364535),用Primer Premier 5.0软件分别设计31对引物以覆盖F5基因的所有外显子、5′和3′非翻译区序列、侧翼,引物序列及PCR扩增条件参见文献[4],引物由上海桑尼生物公司合成。

7.PCR产物测序:

PCR产物割胶后送上海桑尼生物工程公司纯化后用ABI3730XL型测序仪(美国Applera公司产品)测序。通过Chromas软件与美国NCBI基因库所公布的FⅤ基因序列(GenBank:AY364535)进行比对,查找基因突变的位点,发现错义突变位点后用反向测序予以证实,缺失突变用克隆测序证实。明确先证者基因突变的位点后,再扩增其他家系成员相应突变位点区域并进行测序分析。

8.凝血酶生成试验:

参照文献[5]方法。

9.氨基酸突变位点保守性分析:

用ClustalⅩ-2.1-win软件对人类和NCBI数据库中提供的其他9种同源性物种:原鸡(Gallusgallus)、黑猩猩(Pantroglodytes)、猕猴(Macaca mulatta)、家犬(Canislupus familiaris)、牛(Bos Taurus)、小家鼠(Musmusculus)、热带爪蟾(Xenopus tropicalis)、斑马鱼(Danio rerio)和褐家鼠(Rattus norvegicus)的氨基酸序列(https://www.ncbi.nih.gov/homologene/104)进行比对,分析突变氨基酸的保守性。

10.生物信息学技术分析:

采用MutationTaster、PolyPhen-2、PROVEAN、LRT和SIFT在线软件分析氨基酸突变前后生物信息学特性;用Swiss-pdb Viewer软件分析FⅤ蛋白模型野生型和突变型局部空间构型及分子间作用力的变化。

结果
1.先证者及家系成员表型检测结果:

先证者PT、APTT明显延长;FⅤ∶C和FⅤ∶Ag较正常对照显著降低。其祖父、外祖母、母亲、父亲、小姨母和表妹的PT、APTT均轻度延长;除表妹外,FⅤ∶C和FⅤ∶Ag均下降至正常对照的一半左右,家系成员的其他凝血指标均无明显异常(表1)。

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表1

先证者及家系成员主要凝血指标及基因检测结果

表1

先证者及家系成员主要凝血指标及基因检测结果

家系成员年龄(岁)PT(s)APTT(s)FIB(g/L)FⅡ∶C(%)FⅦ∶C(%)FⅩ∶C(%)FⅤ∶C(%)FⅤ∶Ag(%)第8外显子c.1258G>T第14外显子c.4797delG
先证者(Ⅲ13334.6103.94.2097938935杂合子杂合子
祖父(Ⅰ17915.342.73.9195113985758杂合子野生型
祖母(Ⅰ27613.135.13.0610010495107110野生型野生型
外祖父(Ⅰ37812.933.33.6598114111110124野生型野生型
外祖母(Ⅰ47614.141.92.9890106945155野生型杂合子
父亲(Ⅱ15614.945.42.73102112974954杂合子野生型
母亲(Ⅱ25515.447.23.2610198984846野生型杂合子
二姨母(Ⅱ35213.235.33.1497918594101野生型野生型
小姨母(Ⅱ45015.145.62.8487104895054野生型杂合子
小姨夫(Ⅱ55313.436.12.46909796101107野生型野生型
表妹(Ⅲ22416.146.82.219390858995野生型杂合子
参考值 12.5~14.527.0~41.02.00~4.0086~11686~12080~12086~11570~130  

注:PT:凝血酶原时间;APTT:活化部分凝血活酶时间;FIB:纤维蛋白原;FⅤ∶Ag:凝血因子Ⅴ抗原;FⅡ∶C、FⅦ∶C、FⅩ∶C、FⅤ∶C分别为凝血因子Ⅱ、Ⅶ、Ⅹ、Ⅴ活性

2.先证者及家系成员基因分析结果:

先证者检出F5基因第8外显子c.1258G>T杂合错义突变(p.Gly392Cys)、第14外显子c.4797delG杂合缺失突变(p.Glu1572Lys fsX19),导致1572位的谷氨酸变成赖氨酸后框移19个氨基酸并在1591位提前出现终止翻译,最终产生截断蛋白。其祖父和父亲检出c.1258G>T杂合错义突变,其外祖母、母亲、小姨母和表妹均检出c.4797delG杂合缺失突变,其余家系成员均为野生型(表1图2)。

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图2
F5基因第8和第14外显子测序结果
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A:先证者c.1258G>T杂合错义突变;B:先证者c.4797delG缺失突变正向测序;C:c.4797delG缺失突变克隆测序;D:第8外显子c.1258野生型;E:第14外显子野生型

图2
F5基因第8和第14外显子测序结果
3.凝血酶生成试验结果:

先证者的峰高明显降低,凝血酶生成潜力略微降低,峰高比值为29.6%,显著降低;而其延迟时间(lag time)和达峰时间(tt peak)比值分别延长为3.01和2.92;其父母上述指标也均发生不同程度变化(表2图3)。

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图3
先证者及其父母的凝血酶生成试验曲线图
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图3
先证者及其父母的凝血酶生成试验曲线图
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表2

遗传性凝血因子Ⅴ缺陷症先证者及其父母凝血酶生成试验结果

表2

遗传性凝血因子Ⅴ缺陷症先证者及其父母凝血酶生成试验结果

受检者凝血酶生成潜力比值(%)峰值比值(%)延迟时间比值达峰时间比值
先证者(Ⅲ190.929.63.012.92
父亲(Ⅱ1)92.045.82.432.09
母亲(Ⅱ298.467.02.341.98
参考值86.9~113.185.3~114.70.88~1.280.87~1.15
4.保守性分析结果:

ClustalX软件的保守性分析结果表明,p.Gly392在同源物种间高度保守(图4)。

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图4
F5基因p.Gly392在同源性物种多重序列比对结果
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图4
F5基因p.Gly392在同源性物种多重序列比对结果
5.在线生物信息学软件和蛋白结构模型分析结果:

MutationTaster、PolyPhen-2、PROVEAN、LRT和SIFT五个在线生物信息学软件对p.Gly392Cys预测结果分别为1.00分、1.00分、-7.67分、0.00分和0.00分,均显示为可影响蛋白质功能的致病突变;MutationTaster对p.Glu1572Lys fsX19预测结果为1.00,显示为可影响蛋白质功能的致病突变。突变蛋白质空间结构模型分析显示:野生型FⅤ蛋白的分子模型结构中Gly392与I1e492之间存在1条氢链,当Gly392突变为Cys392时,其分子之间的氢键明显延长,并且Cys392与Tyr368之间产生了空间位阻,使蛋白质结构发生改变,可能导致蛋白质的稳定性下降(图5)。

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图5
野生型(A)、Gly392Cys突变型(B)凝血因子Ⅴ蛋白质模型图(绿色虚线表示氢键,粉色虚线表示空间位阻)
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图5
野生型(A)、Gly392Cys突变型(B)凝血因子Ⅴ蛋白质模型图(绿色虚线表示氢键,粉色虚线表示空间位阻)
讨论

FⅤ是一种单链糖蛋白,在凝血途径和活化蛋白C介导的抗凝血途径中均起到重要的作用。遗传性FⅤ缺陷症,多数患者血浆FⅤ∶Ag水平和FⅤ∶C平行下降,称为Ⅰ型;少数患者血浆FⅤ∶Ag水平正常或接近正常,而FⅤ∶C明显下降,即为Ⅱ型[6]。本例患者血浆FⅤ∶C和FⅤ∶Ag平行下降,属于Ⅰ型。F5基因位于染色体1q21-25,全长80 kb,包含25个外显子和24个内含子。其中,第1~12外显子编码长28个氨基酸的信号肽和A1-A2区,第13外显子编码完整的B区,第14~25外显子编码A3-C1-C2区。成熟FⅤ蛋白含有2196个氨基酸,FⅤ分子由3个A区、1个B区及2个C区组成,其排列顺序为A1-A2-B-A3-C1-C2[7],F5基因改变将影响其结构和功能,从而导致FⅤ缺陷症。

目前已发现了约160多种与FⅤ缺陷症有关的基因突变,包括错义突变、无义突变及缺失、插入、剪切位点突变等。错义突变通常引起单个氨基酸置换,影响FⅤ的折叠和构象改变,分泌途径的质量控制系统将其滞留在细胞内,导致细胞内降解和分泌障碍[8]。本研究发现先证者F5第8外显子存在p.Gly392Cys杂合错义突变及第14外显子存在p.Glu1572Lys fsX19杂合缺失突变的复合杂合突变;其祖父和父亲存在p.Gly392Cys杂合错义突变,其外祖母、母亲、小姨母和表妹均存在p.Glu1572Lys fsX19杂合缺失突变。存在不同位点单个杂合突变的家系成员,其FⅤ∶C和FⅤ∶Ag均下降至正常对照的一半左右。从凝血酶生成试验显示,携带单个杂合基因突变位点的家系成员,其凝血酶生成量和凝血酶生成速度均较正常人下降,尤其是同时携带这两个突变位点的先证者,表现为更明显,患者的凝血功能受到较大影响,一定程度上评估了出血风险。本研究中F5基因的p.Gly392Cys突变由傅启华等[9]首次报道,该突变使FⅤ蛋白A2结构域的第392位甘氨酸突变为半胱氨酸。Chen等[10]曾报道,p.Gly392Cys突变会引起半胱氨酸残基的暴露,破坏A2结构域支架,干扰了A2结构域上其他半胱氨酸之间二硫键的形成,从而影响蛋白质结构的稳定性,导致FⅤ蛋白质分泌或稳定性受损。

本研究通过Swiss-Pdb Viewer version软件对p.Gly392Cys突变前后的蛋白结构进行模型分析显示:野生型FⅤ蛋白的分子模型结构中Gly392与I1e492之间存在1条氢链,当Gly392突变为Cys392时,其分子之间的氢键明显延长,并且Cys392与Tyr368之间产生了空间位阻,导致蛋白质的稳定性下降,与上述的报道符合。本研究中的p.Glu1572Lys fsX19杂合缺失突变,使1572位的谷氨酸变成赖氨酸后框移19个氨基酸并在1591位提前出现终止翻译,产生截断蛋白,导致18个氨基酸(1572~1590)被替换和606个氨基酸(1591~2197)丢失,最终使完整的FⅤ蛋白质组装受阻,功能障碍。有研究显示,基因突变后形成结构异常的蛋白质,将会被内质网或蛋白酶体降解途径提前降解,导致血浆中含量降低或活性异常,从而影响其生物学功能[11]。本研究还分析了p.Gly392Cys突变的生物学特性,发现p.Gly392Cys在同源物种间高度保守,说明该位点是FⅤ分子的重要位点,在FⅤ蛋白正常功能的发挥中起重要作用。五个在线生物信息学软件对p.Gly392Cys预测均显示为致病的突变,MutationTaster对p.Glu1572Lys fsX19预测也显示为致病的突变,均可影响蛋白质功能,进一步证实了这两个位点野生型氨基酸在FⅤ蛋白中的重要性。

综上所述,本FⅤ缺陷症家系FⅤ水平降低与p.Gly392Cys杂合错义突变和p.Glu1572Lys fsX19杂合缺失突变有关,其具体的致病机制有待体外表达等试验进一步的探讨。

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