近年来，由于慢性气道和肺部疾病患者生存率的提高、痰监测频率增加以及新的分子技术应用于微生物的鉴定，人们发现既往认为无菌的下呼吸道竟然寄居着大量微生物。这些微生物不仅出现在慢性气道和肺部疾病的急性加重期或急性发作期，稳定期甚至正常健康人群也可检测到。微生态多样性和构成的改变与某些慢性气道和肺部疾病密切相关。本文着重介绍COPD、支气管哮喘、支气管扩张症及特发性肺纤维化的菌群多样性及构成变化。
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既往人们认为健康人群下呼吸道和肺部是无菌的，健康人下呼吸道和肺部培养分离出特定病原体意味着标本受上呼吸道微生物的污染。近十年来，由于16S rRNA扩增后进行测序分析技术的应用，可以将微生物群落分类到种甚至对亚种级别进行分析，该技术应用于微生物群落多样性和构成的分析，大大拓展了我们对微环境微生态的认识。已有大量研究证实，下呼吸道和肺部并不是无菌的，实际上隐藏着大量多元微生物。肺部与上呼吸道相通，是一个持续暴露于微生物的器官，普遍存在亚临床吸入上呼吸道微生物的情况，肺部持续遭受微生物的迁入和局部黏膜及黏液纤毛的防御清除，并处于动态稳定过程。健康人群气道所含的细菌与上呼吸道相似，但又有别于上呼吸道细菌。通过多个生态参数(群落丰度、群落组成、个体间差异和群体来源相似性)分析发现，右上叶较远端部位的微生态更接近上呼吸道。随着与上呼吸道来源群体距离越远，群落丰度越低[1]。采用免培养技术发现健康人群肺部主要定植菌为拟杆菌和厚壁菌门[2,3]。肺部的细菌生物量相对肠道及上呼吸道较低，BALF的细菌载量为4.50～8.25 logcopies/ml[4]，约每1 000个细胞含菌10～100个[5]。尽管某些个体表现出微生物群落的多样性，但在人群中个体变异较小。氧分压张力、血流、pH、体温、炎症细胞趋化产物和上皮细胞结构等可影响微生物的增殖，肺部生物地理学差异也可影响下呼吸道微生物的多样性。慢性气道和肺部疾病导致肺部结构或功能异质性改变，这些结构或功能改变导致微生物增殖的影响因素发生变化，进而发生局部微生态构成改变(感染)，从而导致慢性气道和肺部疾病的急性加重或急性发作。
