肺部感染占据感染性疾病发病率首位，病原体构成复杂，起病快，并发症多^[1]。据统计，仅有20%肺部感染患者的病原诊断是明确的，大多数肺部感染患者仅通过经验性使用抗菌药物进行治疗。另外，有25%的肺部感染患者经积极抗感染治疗仍疗效不佳或病灶延迟吸收，属于难治性肺炎^[2]。难治性肺炎目前缺少统一和明确的定义，一般指病情严重，经抗菌药物治疗仍无改善，甚至恶化，预后险恶的肺炎，该疾病给临床工作带来很大的困难^[3]。难治性肺炎治疗的核心问题是病原体诊断，早期明确病原微生物种类，选择合适的抗感染药物是治疗的关键。

肺泡灌洗液可以进行细胞学、微生物和寄生虫的检查，以及生物化学和免疫检测，对肺部感染疾病的诊断、病情观察和预后判断有重要价值。传统的肺泡灌洗液收集方式是经纤支镜下进行的肺部灌洗活检，存在诊断阳性率低、并发症多等问题。经导向鞘引导的超声支气管镜(EBUS-GS)肺活检术是经支气管镜在超声引导下对气管壁及周围的结构进行观察诊断、钳取活检，从而准确定位纵隔肿块或淋巴结的一种微创检查方法，可在实时超声引导下进行经支气管灌洗活检，收集肺泡灌洗液样本。该方法作为一种新型技术，具有诊断率高、并发症少、可重复取材等优点^[4]。病原微生物宏基因组二代测序(mNGS)是一种不需培养就可以快速鉴定病原体的新技术，相比传统培养方法拥有更高敏感度^[5]。EBUS-GS技术联合mNGS能更加灵敏地检测到肺部感染潜在的病原体。本研究采用EBUS-GS收集难治性肺炎患者的肺泡灌洗液与病变处组织，并进行病原微生物mNGS，分析EBUS-GS联合mNGS对难治性肺炎病原体的诊断价值。

难治性肺炎治疗是临床上相当棘手的难题之一。难治性肺炎常为多种病原体的混合感染，除常见的细菌耐药外，还往往合并厌氧菌、结核杆菌、真菌、病毒、支原体及衣原体等感染^[7]。肺炎病原体复杂性，少见或新型病原体的出现，均会增加疾病的治疗难度，导致肺炎难治。早期病因诊断对于难治性肺炎患者合理使用抗菌药物十分重要。常规微生物培养、涂片显微镜检查、抗原抗体检测和聚合酶链反应等传统诊断技术不能满足难治性肺炎患者的诊断需求^[8]。这些方法具有较多局限性：耗时长、检测范围狭窄而且阳性率低。相关文献显示，EBUS-GS引导下经皮肺穿刺活检术的诊断准确度高，并发症发生风险相对低^[9]。另外，肺泡灌洗液mNGS对病原体检测具有更高的敏感度与特异度，对于混合感染的鉴定具有明显优势^[5]，因此本研究采用EBUS-GS技术联合mNGS来检测难治性肺炎患者潜在的感染病原体。所有患者使用EBUS-GS技术均取材成功，引起少量出血8例，用1∶10 000肾上腺素、凝血酶经留置导管鞘，局部灌注止血成功，无气胸、大咯血等并发症发生，临床安全性好。

本研究中，经EBUS-GS的mNGS检测与常规临床检测相比，病原体总检出率优于常规临床检测。相较于传统的微生物培养检测方式，肺泡灌洗液mNGS对于菌阴肺结核、一些少见病原体(如鹦鹉热衣原体、耶氏肺孢子菌、巨细胞病毒、鸟型分枝杆菌及马尔尼菲篮状菌等)检测方面则更具有优势，可以快速确诊并进行靶向抗感染治疗^[10,11]。在本研究中，肺泡灌洗液mNGS中检测到菌阴肺结核中结核分枝杆菌、鹦鹉热衣原体、耶氏肺孢子菌、巨细胞病毒、鸟型分枝杆菌及马尔尼菲篮状菌等少见病原体，而在传统微生物检查中未检测到这些病原体。根据mNGS检出病原体调整临床治疗方案后，临床效果明显。此外，mNGS可以在一次检测中同时检测多种病原体^[10]。本研究中，共有25例为混合感染。因此，通过肺泡灌洗液mNGS检测及早识别一些稀有、非典型或生长缓慢的微生物、现有检测技术无法识别的病原体以及混合感染具有重要意义^[11]。支气管肺泡灌洗液的mNGS可提升病原体检测的阳性率，通过相对丰度和病原体的序列数去识别潜在的病原体^[12]。尤其在基层医院，常规临床检测能力差，肺泡灌洗液mNGS更能弥补此短板，在诊断难治性肺炎病原体起到快速精准的作用。很多病原体常因不典型的临床特征而被误诊，mNGS能最大限度地提高疾病的诊断准确率、缩短诊断时间和患者病程。

尽管mNGS技术在临床上已得到广泛应用，但仍然存在一些局限性：mNGS结果的解读仍然存在问题；区分定植与感染也是今后需要研究的方向。目前仍需将mNGS检测结果与临床数据相结合，仔细区分背景、定植、污染菌以及真正的责任病原体。此外，虽然mNGS可提供耐药基因检测，但目前的肺泡灌洗液mNGS仍无法提供耐药细菌药敏检测等重要结果。总之，EBUS-GS技术联合肺泡灌洗液mNGS能够快速而准确地鉴定病原体，在混合感染诊断上也具有明显优势，对于难治性肺炎患者的精准诊断和个性化治疗具有重要意义。