肠道微生物生态系统是哺乳动物体内最复杂和最大的微生态系统。然而现今大量抗生素的使用使得肠道菌群发生巨大改变，一部分菌群受到冲击而被破坏，甚至发展为难辨梭菌感染。粪菌移植作为一种特殊的器官移植，和可以重建肠道菌群的疗法重新被临床所关注，但这一治疗方法并未成为常规治疗手段，因其操作的特殊性并不被很多临床工作者及患者所接受。如今随着粪菌移植研究的逐渐深入，其在难治性难辨梭状芽孢杆菌感染、炎性肠病、肠易激综合征、慢性疲劳综合征以及一些与代谢性疾病相关的肠道外疾病中得到使用。现结合国内外相关文献，对粪菌移植的起源、适应证、机制、制作过程、现状及未来等研究进展作一综述，旨在为粪菌移植这一治疗方法更好地应用于临床提供借鉴。
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在医学史上，疾病的细菌理论是很多成功的大型研究的基础，尤其在感染性疾病这方面较多。然而抗生素疗法的发展使这些疾病的研究受到重创，这些疗法只专注于病原体却忽略了其他菌群对宿主的作用。抗生素的普遍使用及饮食结构的变化使得宿主微生物的成分发生改变，一部分肠道菌群被破坏，甚至发展为难辨梭菌感染，并由此导致了一些新的疾病的产生，如代谢综合征、自身免疫性疾病、特异性疾病和其他一些肠道外疾病。如今，粪菌移植这一特殊的器官移植治疗方法受到了大家的广泛关注。粪菌移植（fecal microbiota transplantation，FMT），也被少数人称为粪便移植（fecal transplantation）、粪菌治疗（fecal bacteriotherapy）和肠菌移植（intestinal microbiota transplantation），是指将健康人粪便中的功能菌群，移植到患者胃肠道内，重建具有正常功能的肠道菌群，实现肠道及肠道外疾病的治疗。粪菌移植作为一种特殊的器官移植，已经在难治性难辨梭状芽孢杆菌感染、炎性肠病、肠易激综合征、慢性疲劳综合征以及一些与代谢性疾病相关的肠道外疾病中得到使用，但这一治疗方法并未成为常规疗法，并不能被很多临床工作者及患者所接受。为了进一步加强对粪菌移植的理解，本文就粪菌移植的起源、适应证、机制、制作过程、现状及发展前景等研究进展作一综述。
