简报
二代测序技术在胰腺癌患者相关基因突变检测中的应用
中华实验外科杂志, 2019,36(12) : 2294-2294. DOI: 10.3760/cma.j.issn.1001-9030.2019.12.053
引用本文: 贺德, 李志坚, 马广念, 等.  二代测序技术在胰腺癌患者相关基因突变检测中的应用 [J] . 中华实验外科杂志, 2019, 36(12) : 2294-2294. DOI: 10.3760/cma.j.issn.1001-9030.2019.12.053.
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二代测序技术(NGS)给癌症的研究和治疗带来很多重要发现,寻找肿瘤的驱动基因及相关信号转导通路的关键点已成为当前肿瘤治疗的新策略。本研究旨在通过NGS分析胰腺癌患者中的基因变异特征。

一、材料与方法
1.一般资料:

2016年6月至2019年6月南方医科大学附属深圳宝安医院和深圳市人民医院22例胰腺癌患者,男15例,女7例,年龄范围为46~71岁,平均年龄59.6岁,经病理诊断为胰腺癌患者。

2.标本:

采集新鲜穿刺或胃肠镜等活检组织或手术组织石蜡包埋组织切片+血样。

3.DNA提取:

对活检组织进行石蜡包埋处理。抽提、定量基因组DNA(gDNA)。充分离心血液样本,取中层白细胞,提取、测定白细胞gDNA。

4.构建文库和NGS测序:

取肿瘤组织gDNA样本和白细胞gDNA样本,经超声打断、凝胶电泳检测其片段化大小后进行文库构建,并检测文库DNA片段浓度及大小。用试剂盒"迈路明"基因探针文库进行杂交捕获得到目的区域序列。在Nextseq500测序仪(Illumina)上按照生产商标准流程进行超深度测序(平均测序深度>500X)。

5.统计学方法:

应用SPSS 22.0统计软件分析,计数资料用百分比表示,比较Fisher精确概率法,以P<0.05为差异有统计学意义。

二、结果

1.胰腺癌患者NGS检测结果:在390个肿瘤相关基因中共检测到42个基因发生突变。肿瘤蛋白P53(TP53)基因突变频率为68.18%,鼠类肉毒病毒癌基因(KRAS)突变频率59.10%,细胞周期依赖性激酶抑制基因(CDKN2A)、SMAD4基因突变频率为22.73%。其中TP53、KRAS基因同时突变的突变率为50%;TP53、KRAS、SMAD4同时突变频率18.19%;TP53、KRAS、CDKN2A同时突变频率为13.64%。

2.基因突变位点检测结果:从42个突变基因中检测到61种突变位点,其中TP53、SMAD4均为单位点突变,分别为24.59%、8.20%;KRAS、CDKN2A都有3个位点发生突变,因此其突变率均为4.92%。

3.低分化、中分化以及晚期胰腺癌患者的TP53突变频率明显较高,差异有统计学意义(P<0.05)。晚期的胰腺癌患者的KRAS突变频率更高,差异有统计学意义(P<0.05)。

4.TP53、KRAS的突变频率与胰腺癌患者的年龄、性别、吸烟史等差异无统计学意义(P>0.05)。

三、讨论

近期研究显示,胰腺癌是全球发病率第七位和死亡率第四位的恶性肿瘤,中国的胰腺癌发病率上升至第七位,死亡率为第六位[1]。由于胰腺癌起病隐匿等特殊性,尚未有行之有效的早期诊断手段。

本研究共纳入了22例胰腺癌患者,并通过NGS检测出42个基因和61个位点发生了突变。TP53、KRAS、CDKN2A、SMAD4基因的突变率明显高于其他基因,与国外报道引起胰腺癌发生的主要4种驱动基因一致[2]。目前研究认为,KRAS突变引起RAS与三磷酸鸟苷(GTP)的结合从而影响KRAS活性,导致RAS下游信号持续激活,促进细胞增殖[3]。TP53失活将导致其失去抑制肿瘤细胞的的增殖和生长,SMAD4则是作用于转化生长因子-β(TGF-β)/Smad信号通路的传导促进肿瘤发生。

本研究结果表明,胰腺癌患者中TP53、KRAS、SMAD4和CDKN2A基因均存在较高的突变率,与其作为胰腺癌发生发展的驱动基因呈正相关,而二代测序技术初步检测出胰腺癌的基因突变亚型从而对精准治疗提供理论指导,并为胰腺癌早期诊断和预后提供更有价值的信息。

利益冲突
利益冲突

所有作者均声明不存在利益冲突

参考文献
[1]
JiaX, DuP, WuK, et al.Pancreatic cancer mortality in China: characteristics and prediction[J]. Pancreas, 2018, 47(2): 233-237. DOI: 10.1097/MPA.0000000000000976.
[2]
KamisawaT, WoodLD, ItoiT, et al.Pancreatic cancer[J]. Lancet, 2016, 388(10039): 73-85. DOI: 10.1016/S0140-6736(16)00141-0.
[3]
StephenAG, EspositoD, BagniRK, et al.Dragging ras back in the ring[J]. Cancer Cell, 2014, 25(3): 272-281. DOI: 10.1016/j.ccr.2014.02.017.
 
 
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