简报
基于TCGA数据库构建及验证甲状腺癌的风险预测模型
中华实验外科杂志, 2021,38(7) : 1376-1376. DOI: 10.3760/cma.j.cn421213-20200312-00145
引用本文: 董江萌, 王勇, 雷勇, 等.  基于TCGA数据库构建及验证甲状腺癌的风险预测模型 [J] . 中华实验外科杂志, 2021, 38(7) : 1376-1376. DOI: 10.3760/cma.j.cn421213-20200312-00145.
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甲状腺癌作为当今世界上最常见的内分泌恶性肿瘤[1,2]。本次研究通过对甲状腺癌中异常表达的基因进行探索,最终筛选出5个预后相关基因并构建出甲状腺癌风险预测模型(TCRPM),为甲状腺癌患者的诊断、治疗及提高其总体生存率提供新的治疗靶点和参考依据。

一、材料与方法

从TCGA数据库下载甲状腺癌患者临床信息及RNA-Seq数据,利用R语言筛选出差异表达基因,对差异基因进行富集分析并利用蛋白互作(PPI)网络筛选Hub基因。利用Cox回归分析从hub基因中筛选出预后相关基因并建立TCRPM,运用Kaplan-Meier(K-M)法及受试者操作特征(ROC)曲线对TCRPM进行评价。

二、结果

共筛选出215个差异表达基因(P<0.05)并利用PPI网络分析得到40个hub基因。应用Cox回归分析得到纤溶酶原激活物抑制剂-1(SERPINE1)、B细胞淋巴瘤11B(BCL11B)、转化生长因子-β4(LEFTY2)、三叶因子1(TFF1)以及5-羟色胺受体1E(HTR1E)共5个预后相关基因,并构建出TCRPM。K-M法(P<0.005)与ROC曲线(曲线下面积=0.831)表明TCRPM可能具有独立预后价值。

三、讨论

甲状腺癌作为全球发病率增速最快的肿瘤,本研究通过对甲状腺癌中异常表达的基因进行探索,筛选出与患者预后相关基因并建立TCRPM。富集分析中,"GO:0031012:extracellular matrix"被显著富集。研究显示,炎症通过细胞外基质等多种成分促进甲状腺癌的发生发展[3]。SERPINE1是组织型纤溶酶原激活剂和尿激酶纤溶酶原激活剂的快速抑制剂,可诱导甲状腺癌血管形成,从而促进了甲状腺癌细胞扩散和转移[4]。BCL11B是一种转录调节因子,在T细胞发育和白细胞生成过程中具有重要作用[5]。LEFTY2是子宫内膜容受性的负调节剂,Alowayed等[6]发现LEFTY2负性调控人子宫内膜癌细胞的迁移,本研究则发现LEFTY2为甲状腺癌预后不良的分子标志物。TFF1具有凝集素活性。据报道,TFF1可通过抑制IL6-STAT3促炎性信号通路抑制胃肿瘤的发生发展[7]。HTR1E是五羟色胺受体(HTR)家族中的一员,该基因抑制erbB2启动子的转录活性,并在肿瘤的发生中起作用,但其详细机制仍需进一步研究[8]

本研究利用生物信息学方法挖掘甲状腺癌的预后相关基因,成功建立TCRPM,并应用K-M曲线及ROC曲线对我们的模型进行了验证。结果显示本模型建立较为合理,对于甲状腺癌患者预后有较好的预测价值。

利益冲突
利益冲突

所有作者均声明不存在利益冲突

参考文献
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