菌群移植（FMT）已成为治疗复发性艰难梭菌感染的有效手段，除此之外，在其他肠道及肠外疾病的治疗尝试中也显示出一定的效果，大量临床试验相继开展。关于FMT具体方法尚缺乏统一标准。本文从FMT适应证、供体筛选、菌液质量控制、FMT方法学、随访及疗效判断、不良反应处理以及伦理监管等方面，针对FMT目前存在的热点与争议问题，并结合本团队临床治疗经验做综合介绍。
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菌群移植（fecal microbiota transplant，FMT）是将健康人粪便中的功能菌群移植到患者肠道内，重建新的肠道菌群，治疗肠道及肠道外疾病[1]。目前，已被多项临床医学指南及共识推荐用于治疗复发性或难治性艰难梭菌感染（Clostridium difficile infection，CDI）；除此之外，FMT在治疗如炎性肠病（inflammatory bowel diseases，IBD）、肠易激综合征（irritable bowel syndrome，IBS）、功能性便秘（functional constipation，FC）、肝硬化、自闭症等其他病种的临床研究中，亦显示出一定的疗效[2,3]。截止至2019年7月，国内外关于FMT治疗疾病相关研究报道超过3 000例，在clinicaltrials.gov网站注册的临床试验超过380项，其中FMT具体实施方案各不相同，尚缺乏统一标准。笔者通过查阅相关指南与文献，结合本团队报道的2 010例FMT治疗病例的临床经验，将FMT临床应用相关要点进行讨论[4]。
CDI是唯一被临床指南明确推荐的FMT适应证。FMT用于复发性CDI的治疗已先后被美国、欧洲、澳大利亚等国列入国家临床指南，2017年，中国医师协会检验医师分会感染性疾病检验医学专家委员会发布《中国成人艰难梭菌感染诊断和治疗专家共识》，其中也推荐FMT用于治疗复发性CDI[5]。综合各国指南与共识，FMT适用于二次或多次复发的CDI、首次复发并再次复发风险大的CDI以及难治性CDI，不推荐作为初发CDI的首选治疗。无论是单纯CDI、还是合并有其他疾病（如IBD）的CDI，都应遵守以上原则选择治疗方案。
FMT用于CDI之外的肠道疾病的治疗，尚缺乏足够的循证医学证据支持，故应以临床试验的方式开展，且只有当传统治疗无效时才考虑使用FMT[3]。目前有关治疗研究较多的为炎性肠病、功能性便秘及IBS。
国际上至今报道了6项FMT治疗活动性溃疡性结肠炎的随机对照临床研究（randomized clinical trials，RCT），临床缓解率为24%~32%，其中4项研究结果显示FMT组缓解率高于安慰剂组的5%~9%；另1项研究显示，溃疡性结肠炎症状缓解与肠道特定菌群及代谢物丰度有关[6,7,8,9,10]。基于以上数据及本中心治疗经验，FMT有望成为治疗轻-中度溃疡性结肠炎的有效方式；当传统治疗无效时，可考虑行FMT，但应警惕溃疡性结肠炎加重或复发的可能。由于肠道通透性增加、结肠溃疡可能会增加菌血症发生率，故对于严重病变的活动期IBD应慎行或不行FMT。
有关FMT治疗克罗恩病的尝试报道有10余项，包括个案报道与队列研究，总入组患者100余例，临床缓解率在29%~70%，平均47%~52%，略高于溃疡性结肠炎[11]。但由于克罗恩病临床表现多样化，且易于伴发肠瘘等穿透性病变，以及肉芽增生阻滞肠腔，常被迫行外科治疗，这可能是FMT治疗克罗恩病RCT研究较难开展的原因。对于传统治疗无效或无严重并发症的克罗恩病患者，可尝试行FMT治疗，一旦出现腹腔感染、肠梗阻等严重并发症，则应按照治疗指南规范处理。
有关FMT治疗FC的报道主要来自本中心的研究，均显示FMT对FC治疗有效率超过50%，且治疗期间未发生严重不良反应；其中2017年一项FMT治疗慢传输型便秘的RCT研究结果显示，随访12个月后FMT组治愈率为36.7%，对照组治愈率13.3%，提示FMT治疗效果优于传统治疗[4,12]。本中心现已行FMT治疗便秘1 000余例，其中大部分为传统泻药无效、并发粪石性肠梗阻或手术后复发患者，病史复杂且存在较重精神负担，不宜给予安慰剂对照。虽然目前FMT治疗FC尚缺乏大样本RCT研究，但当传统保守治疗无效时，应考虑FMT。
现有的Meta分析及RCT研究显示，经鼻肠管或结肠镜输注菌液可能对治疗IBS有效，而口服胶囊未见明显疗效；暂无足够证据支持FMT对IBS有明显的疗效，故FMT治疗IBS仅能作为临床试验开展，当传统治疗无效时，可考虑尝试经鼻肠管或结肠镜途径的FMT[13,14]。本中心已治疗肠易激综合症100余例，效果良好。
除以上疾病导致的腹泻，现今只有关于FMT有效缓解器官移植后腹泻及脓毒症后腹泻的零散报道[15]。结合本中心治疗腹泻、放射性肠炎的经验，FMT有望成为一个新的治疗腹泻的有效手段。
FMT治疗肠道外疾病的有效性，尚缺乏大样本RCT数据的支持，但现有报道为进一步探索FMT适应证提供了依据，若传统治疗无效，特别是当肠道菌群扰动（如病原菌感染、抗生素使用等）为引起疾病或诱发症状加重的因素时，可考虑尝试包括FMT的肠道微生态治疗。
FMT在缓解胃肠道症状的同时也观察到对神经系统症状的改善。本中心报道了FMT缓解便秘患者的抑郁、焦虑症状[16]。其临床疗效可用"肠-脑-菌群轴"的机制解释，人体多种神经递质由肠道产生，可受肠道菌群调控，故而FMT可能成为治疗神经系统疾病的手段之一。但有关临床试验尚少，目前仅有关于FMT在缓解抑郁、自闭症、帕金森及癫痫方面的零星报道。
有关FMT的禁忌证国际指南尚无明确规定，但对于一些特殊人群，予以FMT治疗后严重不良反应发生的风险可能升高。已有文献报道了CDI合并IBD患者接受FMT后IBD症状加重或复燃的案例[20,21]。2019年6月，美国食品药品管理局（Food and Drug Administration，FDA）报道一起FMT导致2例严重免疫抑制患者耐药菌感染并造成1人死亡的事件。从而引起业界广泛关注，一批临床试验被叫停。由于FMT具有生物制剂和器官移植的双重性质，作用机制与风险不明确，且临床实施中存在较多伦理争议，故对FMT的实施及操作需严谨慎重。如出现以下情况之一则禁止行FMT治疗：（1）肠道大面积溃疡、出血；（2）移植通道梗阻；（3）移植操作本身（内镜、置管、灌肠、经口饮食）的禁忌证；（4）未通过伦理审核的临床试验或患者拒绝接受FMT。如出现以下情况则不宜行FMT：（1）生命体征（体温、心率、血压、呼吸）不稳定；（2）严重免疫系统紊乱；（3）孕妇或哺乳期妇女；但如传统治疗无效、且有临床症状与肠道微生态紊乱有关的证据，可尝试行FMT，不过必须告知患者及家属发生严重并发症的风险较高；并在治疗过程中对患者严密监护。
目前，国际公认非亲属标准供体与亲属供体均可为患者提供粪便，在有条件的情况下应优先使用标准供体[3]。现有文献中，供体筛选条件差异较大[11]。结合相关指南及本中心治疗经验，可依据生理、心理、个人史、稳定性、持续性、限食耐受性和遗传学7项标准筛选供体。
主要依赖科学测量与实验室检测完成。（1）年龄18~60岁，体质指数（body mass index，BMI）18.5~24.9 kg/m2；（2）血液学检测：血常规、肝肾功能、电解质、C反应蛋白正常，传染性肝炎、艾滋病病毒、梅毒、EB病毒、巨细胞病毒、线虫、阿米巴等病原检测阴性；（3）粪便检测：粪便常规检查正常，隐血实验阴性，艰难梭菌、弯曲菌、沙门菌、志贺菌、产志贺毒素大肠杆菌及虫卵、囊泡、寄生虫、孢子、诺如病毒、轮状病毒等原学检测阴性，多重耐药基因（超广谱β内酰胺酶、碳青霉烯酶等）检测阴性。
主要依赖访谈与量表完成。（1）心理科医师或心理咨询师访谈认定心理状态良好；（2）抑郁自评量表（self-rating depression scale，SDS）、焦虑自评量表（self-rating anxiety scale，SAS）、匹兹堡睡眠质量指数（pittsburgh sleep quality index，PSQI）等评分正常。
主要依赖访谈与问卷完成。（1）既往史：近2周未出现胃肠道不适，近3个月内未使用抗生素、抑酸剂、免疫抑制剂和化疗药等，无慢性疼痛症状，无消化系统手术史，无传染病史及传染病接触史，无过敏性疾病、自身免疫疾病、代谢性疾病、心脑血管疾病、神经系统或精神疾病史，无恶性肿瘤病史，未接受过生长激素、胰岛素、凝血因子等静脉注射；（2）个人史：作息规律，饮食健康，家庭和睦，无不良性交，无吸烟、饮酒、吸毒等嗜好，无药物成瘾，近6个月未接种过疫苗或参加药物试验，近6个月未接受纹身或出现皮肤破损，近6个月未到过热带地区；（3）家族史：无胃肠道病变家族史，无恶性肿瘤家族史，无传染病家族史；（4）其他：非孕期，非月经期。
依赖生化检查及粪便微生物组测序完成。（1）每2个月复查以上条目，仍然符合上述要求；（2）每次捐赠的粪便均留样行16s rDNA测序，保证菌群组成及多样性稳定。
建立档案与随访系统。供体应保证长期捐赠粪便，至少每周2次，每次不少于100 g。
通过限食试验完成。部分患者存在食物过敏及食物不耐受（如鸡蛋、牛奶等），根据受体要求，供体需在捐赠粪便前5 d限制食物种类，如该供体不可耐受，则不可作为本次移植的捐赠者。
影响疾病治疗效果的供体因素较为复杂，既涉及到与该疾病关联的功能菌株，又应考虑生态系统间复杂的相互作用。部分临床试验中出现"超级供体"现象，即使用某个特定供体捐赠的粪便行FMT的疗效优于其他供体，目前报道的有关因素包括供体粪便生物多样性、Akk菌及产丁酸菌含量等[24]。
"超级供体"的筛选与应用可能会提高FMT疗效，但由于疾病特征及患者个体差异，与某种疾病相关的"超级供体"可能并不会提高另一种疾病的治疗成功率，即使治疗同种疾病，在部分患者中仍不能达到理想效果。"超级供体"现象实则为菌群与疾病的作用机制，故而建立在机制研究基础上的个体化治疗方案的制定尤为重要。
在FMT前对供体、菌液和患者实施菌群检测，结合疾病特征进行"疾病-菌液-受体"配型，甚至对菌液进行筛菌、发酵或添加，最终实现精准化FMT是今后发展的趋势。
根据国际FMT指南及相关文献[3]并结合本中心治疗经验，从粪便采集、制作流程、冻存与复融、质控标准4个方面阐述菌液及其制品的质量控制要求。
应采用无菌容器采集，粪便重量不少于100 g，性状为Bristol评分标准中3~5分方为合格。立即进入菌液制作流程，或立即密封后2~8℃保存，中途如需转运应使用冰盒。
每次需取不少于50 g粪便与无菌生理盐水以1∶5比例混合，充分搅拌混匀后，依次通过孔径为2.00~0.50 mm的筛网，收集滤液，加入无菌甘油（冻存保护剂）至最终浓度为10%，分装至一次性无菌离心管50 ml/每管，密封后保存；如新鲜菌液立即使用则无需添加甘油。从粪便排出体外至菌液制作完成应保证在6 h以内，整个处理过程应在无菌环境下操作。亦可使用智能一体化粪菌处理系统进行菌液制作[25]。将上述流程制作的菌液，使用平板计数法，得到每1 ml菌液中菌落数>4×108个菌落形成单位。
如需制作菌群胶囊，则将上述过滤收集的菌液离心、取上清、重悬，加入冻干保护剂后混匀，预冻，迅速将冻结样品移入冷冻干燥机中冷冻干燥，冻干后的菌粉进行胶囊包装，应使用耐酸胶囊壳（如羟丙甲基纤维素胶囊壳），根据患者个体情况选用适宜该患者吞咽的胶囊型号，包装好密封保存。
菌液制备完成后放置-80℃保存，6个月之内使用不影响疗效；如放置-20℃保存，应在1~4周内使用。使用前放置室温复融，6 h内输注；如使用水浴锅复融，则水温不得超过37℃。为避免交叉感染，应使用密封膜封住盖子与管口之间的缝隙，开盖前擦干并酒精消毒。
每次制作完成的菌液应随机抽样，行细胞计数及16s rDNA菌群测序，每50 ml菌液中活菌数应≥2×1010个菌落形成单位，同供体、同批次样本，应达到菌群组成一致，6个月内同供体不同批次样本应达到菌群组成无显著差异。美国FDA将FMT相关制品归类为"疫苗及相关生物制剂"，并要求临床试验治疗按照新药规定实施，故参考美国FDA及我国家食品药品监督总局（China FDA，CFDA）对生物药品说明书的规范要求，制作完成的菌液应有独立包装和标签。
对于CDI患者的治疗，指南强烈推荐在行FMT前使用万古霉素或非达霉素至少3 d，并且最后一次给药与第一次菌液输注需间隔12~48 h，这有利于控制移植前肠道内艰难梭菌的丰度并使菌液作用发挥到最大。对于治疗除CDI之外的疾病，是否应在FMT前使用抗生素，国际尚无统一标准。结合本中心经验，如患者存在明显的肠道菌群紊乱，尤其是肠源性感染性疾病，可在FMT前经肠道给予相应的敏感抗生素。
由于胃酸可破坏一部分细菌，故若输注的菌液需经过胃，则应在移植前使用质子泵抑制剂；对于腹泻患者，如经下消化道移植，可在菌液输注后一次性给予止泻剂，而对于肠道蠕动正常或较慢的便秘患者，则无需使用该类药物。
移植前应行肠道清洁，如通过下消化道给药，则移植前需清洁灌肠；如经上消化道给药，则移植前需使用聚乙二醇行肠道清洗。
FMT移植途径可分为上消化道途径与下消化道途径，目前并无证据表明哪种途径最优，临床实践中应根据患者自身情况及疾病特征选择移植途径。
菌液可通过胃镜、鼻胃管、鼻空肠管或经皮胃/空肠造口管输注，因胃酸可破坏一部分菌群，故如有条件，应尽量使用空肠管。输注菌液后4 h内患者应保持头端抬高至少45°，以防反流或误吸。常见不良反应为内镜损伤、鼻肠管所致恶心咽痛、胃造瘘并发症等。
由于通过胃镜给药方式较为复杂，且不宜重复给药，而留置鼻肠管方法设备要求简单，不但便于重复菌液输注，还可行造影检查和肠内营养支持，故经鼻肠管FMT可作为首选。本中心在床旁盲放与X线下放置技术方面拥有充足经验，且已通过此方式成功治疗各类肠道疾病患者2 000余例。
菌液可通过结肠镜、结肠置管或灌肠方式输注，为使菌液充分接触全结肠，菌液输注应从盲肠或末端回肠开始，灌肠方式不作为首选。常见不良反应为内镜损伤、结肠置管或灌肠所致腹痛等。
根据指南推荐，治疗CDI时如单次FMT失败，应再次给予FMT；国际文献亦报道，增加FMT次数、菌液剂量以及合理配合抗生素使用，可提高FMT疗效[28,29]。基于本团队临床经验，在行FMT前根据肠道菌群紊乱情况，有针对性地给予抗生素前处理，将多次FMT作为一个疗程，并重复多疗程作为巩固治疗，可以明显提高疗效。如患者合并有营养不良风险或心理应激事件，应同时给予肠内营养、心理调节等支持手段。
肠道菌群组成复杂，且不同细菌具有各自的功能，菌群间存在拮抗、协同、共生等相互作用，形成功能网络，具有一定"韧性"。供体菌群输注到患者体内，其定植、扩增、代谢需要一段时间，通常菌液注入体内到经肛门排泄所需1~3 d不等，腹泻患者甚至在几小时内将菌液排出，故单次输注可能不足以重建患者肠道生态系统，需要重复输注菌液。
本中心根据临床经验，对生命体征稳定、一般状况良好的患者通常连续6次菌液输注为1个疗程，即每日空腹经鼻空肠管行1次菌液输注（100 ml），连续6 d；若患者存在严重营养不良、免疫功能低下、肠道炎性水肿或通而不畅的情况，应适当减少剂量与输注次数；若患者基本情况良好，且临床医师判断增加输注次数可能对疾病的治疗有利，可适当延长治疗时间。
由于FMT主要用于复发性、难治CDI及其他传统治疗无效的疾病，此类疾病往往已发展为慢性，病程迁延反复，故单疗程的FMT很难彻底纠正其肠道微生态的紊乱。我们的研究发现，FMT治疗便秘的效果随时间递减[12]；而重复疗程可维持长期疗效[30]。故患者结束第1个疗程FMT后，宜在14~30 d内接受第2个疗程作为巩固治疗。由于经鼻肠管、肠镜等菌液输注操作繁琐且具有一定创伤性，本中心通常从第3个疗程起给予菌群胶囊，并根据疾病特征、个体差异及研究方案的设计，确定FMT总疗程数。
由于多数肠道菌群紊乱的患者存在肠功能障碍，患者易合并有营养不良、免疫功能低下及肠黏膜屏障受损，如直接行FMT易导致腹胀、腹泻、发热等不良反应发生率增高，此时应先行肠内营养支持治疗，改善全身状况后再试验性行FMT治疗。肠内营养、水溶性膳食纤维等亦有调节菌群的辅助功能。
长期躯体疾病易导致患者存在一定焦虑、抑郁等情绪症状，且精神压力、应激事件对肠道菌群影响较大，在治疗中应重视"肠-脑轴"的作用，评估患者心理健康水平，积极给予干预措施，有利于疾病缓解。
FMT治疗疾病的随访及疗效判断指标主要遵循原发疾病的治疗指南，同时应增加FMT相关的随访内容。由于FMT为微生态疗法，故随访中应包括肠道菌群紊乱相关临床表现的观察，如情绪、过敏、口腔异味等，有条件者应当重复检测患者粪便菌群，如行肠镜可检测结肠黏膜菌群的变化。由于FMT需通过肠道给药，故应随访胃肠道相关症状，如排粪次数、粪便性状、腹痛腹胀、进食情况等。由于FMT是一种类似于器官移植的生物疗法，故应当在移植前后重复检测粪便及血液中传染病相关指标，有条件者可行免疫相关检测。
如FMT有效，通常在治疗后3周内可观察到疾病症状的改善。如第1个疗程结束3周后无改善，可尝试更换供体，重新给予1个疗程FMT，若有效可继续治疗，若仍无效则应视为FMT无反应性，此时不应继续给予FMT，以免耽误病情；如患者接受FMT治疗后症状明显改善，可重复3~5次FMT后结束治疗，随访至末次FMT结束后至少8周，有条件者应进行>1年甚至>10年的长期随访。
文献中报道与FMT相关的不良反应发生率<1%，大多为胃肠道相关性不适，可分为移植操作相关、移植物相关及疾病本身相关的不良反应[11]。
经鼻胃肠管移植常见的不良反应主要为导管置入造成的鼻咽部疼痛、恶心呕吐、呼吸道不适等，可予以鼻饲管位置的调节，并给予含片、消炎镇痛、止吐、雾化等对症处理，大部分患者症状可缓解，极少数患者在对症处理后仍难以耐受鼻饲管，此时应将导管拔除。如导管误入呼吸道，则可能引起肺部感染等严重不良反应，应在放置导管时嘱患者连续吞咽，放置结束后应行X线拍胸片确认导管位置，如出现导管入呼吸道则应立即拔除，如出现肺部感染应按吸入性肺炎治疗。
经内镜移植可能会出现内镜检查相关并发症，如咽喉部疼痛、出血或声音嘶哑，多为内镜摩擦咽喉部所致，可给予含片、消炎镇痛药物，一般数日内可自行好转，如3 d内未好转，应嘱患者去耳鼻喉科就诊。严重并发症主要为消化道出血、穿孔感染或黏膜撕裂，应立即停止内镜操作，给予止血、抗感染，必要时急诊手术。如操作需麻醉，则存在麻醉相关并发症风险，应在麻醉前全面评估并充分告知患者，操作时应有麻醉师全程监护。内镜操作结束后，应嘱患者卧床并禁食禁水2 h，密切观察有无消化道出血、穿孔等征象，部分患者可有腹部不适，多为自限性，可予匹维溴铵、山莨菪碱等对症治疗。
FMT治疗期间少数患者会发生恶心呕吐，主要与液体输注过快、菌液气味引起的不适或心理暗示有关，可给予心理疏导，减慢输注速度，予以止吐等对症治疗；亦可出现腹胀、腹痛、腹泻、腹鸣等不良反应，其原因可能为菌液与肠黏膜及肠内容物相互作用引起的肠腔产气增多、肠道动力变化、肠道感觉神经元刺激等，多为自限性，可给予匹维溴铵、蒙脱石散等对症治疗。
少数患者接受菌液后会出现发热等"感冒"样症状，一般不超过38.5℃，其原理可能为移植物引起肠道免疫激活或类似"赫氏反应"（体内有害菌的死亡释放出致热源），多为自限性，1~2 d可恢复正常，此时应暂停移植治疗，给予降温、补液等对症处理；如出现高热或持续发热，则应考虑肠源性感染，应终止FMT治疗，除给予降温、补液等对症治疗之外，应检测白细胞计数及C反应蛋白、降钙素原等感染指标并留取血液细菌培养，必要时需抗感染治疗。
免疫力低下或免疫缺陷患者，如接受了带有致病菌的菌液可能会引起感染、全身炎性反应甚至发展成为脓毒症，例如美国FDA报道的FMT后耐药菌感染死亡事件。此类并发症重在预防，应在移植前严格进行受体健康状况评估、供体肠道致病菌与耐药基因的筛查和菌液的质控检查，一旦发生，需在感染科医师的协助下及时抗感染、抗休克等治疗。
部分文献报道，合并IBD的CDI患者接受FMT后会出现IBD加重或复燃的情况，即使可能与疾病本身的发展轨迹有关，也不能排除FMT为诱发因素，此时应终止本次移植，并按照炎性肠病治疗原则进行对症处理。
伦理问题一直是FMT相关领域的焦点。主要涉及以下几点：（1）FMT性质归属：虽然FDA将FMT归类为疫苗等生物制剂，但FMT同时具有器官组织移植的性质；（2）FMT适应证：除复发性、难治性CDI外，针对任何病种的治疗均应以临床试验形式开展，并接受伦理监督；（3）患者知情同意：患者应被充分告知接受FMT的原因、疗效及可能的并发症与风险，需自愿选择并签署知情同意书；（4）供体严格筛选：应优先使用"标准化健康供体"，严格进行筛查，需自愿选择并签署知情同意书；（5）安全性：与FMT相关的主要风险来源于病原菌传播及免疫系统激活，因此在供体筛查、菌液质控、受体筛选及操作规范方面应格外注意；（6）商业化：由于FMT的特殊性质，目前只能在医疗场所及专业医师指导下实施，菌液制品不应进入市场进行自由买卖[31]。
为了方便伦理监管及提高安全性保障，FMT实施单位应建立详细的档案管理系统，主要包括4个部分：（1）临床伦理批件及相关文件；（2）供体信息：包括知情同意书、调查问卷、实验室检查结果、访谈记录、粪便捐赠时间及质检报告等；（3）菌液制品信息：包括制品编号、供体代号、制作人、制作时间、质检报告、使用时间及受体编号等；（4）受体信息：包括知情同意书、疾病情况、治疗时间、菌液编号、移植过程、移植后随访、疗效及不良反应等。以上档案需有专人管理，且严格保密，保留时间至少为治疗后5年。
FMT应仅在具有资质的医疗机构开展，具体要求为：（1）拥有合法的伦理审查机构；（2）有稳定的供体来源并建立供体管理系统；（3）拥有二级生物安全防护实验室及相关实验设备，能够保证菌液的制作、存储与转运；（4）拥有临床患者管理及FMT实施途径建立所必需的硬件和软件支撑；（5）拥有专职临床医师与护理团队，具体包括FMT技术人员及消化科、感染科、心理科、影像科、检验科医护人员；（6）专职团队需经过微生态治疗技术的相关培训。以上要求旨在极大可能性地保证FMT临床应用的安全性，形成管理与操作规范。
FMT开展前需严格把握适应证，应格外警惕重症或免疫受损等可能导致严重不良反应的高风险因素。有条件者尽量使用标准供体，并对供体定期进行访谈、体检与粪便致病因子、菌群组成及代谢产物检测，建立供体管理系统。在精准干预尚未实现之前，建议采用全菌谱制作方法生产菌液，即不人为地去除或添加某些菌群；若存在供体因素影响疗效的有关证据，亦可在制作过程中进行菌种的筛选或发酵。
FMT临床实施时，建议重复次数、重复疗程的治疗策略，这样可提高治疗有效率。在菌液输注途径方面，建议首选鼻肠管途径，因其便于重复给药，同时可给予肠道造影、营养支持等。在治疗过程中应根据患者的反应，修正下一步治疗方案。FMT仅仅是一项技术，微生态治疗是理念，将微生态治疗与传统治疗相结合，针对不同患者灵活运用，才可能将临床效益最大化。
自从FMT 2013年被写入CDI治疗指南开始，用该疗法治疗肠内外疾病的探索越来越多，各医疗单位所采取的方法各不相同，临床结局好坏也差异较大，其原因可能与疾病异质性及方法学不统一有关，因此需要相关临床策略的指导。FMT是一种相对安全的治疗手段，在肠道疾病、神经系统疾病、代谢相关疾病以及肿瘤的治疗中极具潜力，有关研究仍处起步阶段，应鼓励具有资质的医疗机构开展相关临床试验，同时加强临床医学与生命科学以及计算机科学的多学科合作，最终实现疾病的精准干预。
所有作者均声明不存在利益冲突
