下呼吸道感染在我国所致的社会和经济负担巨大，2019年全球疾病负担研究显示下呼吸道感染性疾病所致伤残调整生命年排在第四位 ^{［ 1 , 2 ］} 。针对下呼吸道感染的病原体进行早期快速检测，是提高患者救治成功率的重要途径。然而值得注意的是，经典的微生物分离和培养等传统的病原学检测方法存在如操作复杂、耗时长、阳性率低 ^{［ 3 , 4 ］} 等诸多局限，因此，临床实践中迫切需求呼吸道病原体的新型快速精准检测方法。

随着分子生物学的飞速发展，DNA测序技术应运而生。1977年，一代测序技术Sanger双脱氧链终止法诞生 ^{［ 5 ］} ，是基因检测的金标准。然而，低通量和高成本大大限制了它的广泛应用。在过去的几十年里，二代测序技术的出现彻底改变了基因组研究领域，其以“鸟枪法”测序为基础，能一次并行对几十万到数千万条DNA分子进行测序，在保证测序精度的前提下，解决了一代测序通量低的问题，因此也被称为高通量测序技术 ^{［ 6 ］} 。近年来，高通量测序技术逐渐成熟，宏基因组测序病原检测已成为非培养的病原体识别的关键技术之一。该技术无需预设靶向病原体和核酸信息，可对样本中所有病原微生物的核酸进行检测，从而实现病原学的“一网打尽”。然而，宏基因组学二代测序也由于读长短导致多比对效率的问题，且针对检出病原体仍不能有效的获得全基因组精细图谱 ^{［ 7 ］} 。此外，二代测序存在设备冗杂、检测时限多在24 h以上等问题，无法在短时间内快速检测以及实时监测。近年来，纳米孔基因测序技术飞速发展，其具备长读长、设备便携、可进行实时测序和直接分析等技术优势，使其在呼吸系统感染中的病原学诊断方面展示出了巨大的潜力 ^{［ 8 ］} 。该技术的原理是根据不同核苷酸碱基通过纳米孔时产生的电信号变化进行测序并且实时分析，其可以覆盖高GC含量的基因组片段，亦可以弥补二代测序现存的缺陷，从而进一步深入挖掘基因组结构产生的变异 ^{［ 9 ］} 。本文将从纳米孔测序技术的进展及其在呼吸系统感染性疾病中的应用做一综述，以期为临床病原学快检提供新思路，更好的为临床服务。