临床研究
ENGLISH ABSTRACT
二代测序技术检测超声引导下细针穿刺活检甲状腺微小结节标本中多基因突变及其诊断甲状腺微小癌的价值
于风霞
牛丽娟
李卫华
应建明
吕宁
朱强
作者及单位信息
·
DOI: 10.3760/cma.j.cn112137-20240628-01445
Multi-gene mutations in ultrasound-guided fine-needle aspiration specimens of thyroid micronodules and diagnostic value in thyroid microcarcinomas using next-generation sequencing
Yu Fengxia
Niu Lijuan
Li Weihua
Ying Jianming
Lyu Ning
Zhu Qiang
Authors Info & Affiliations
Yu Fengxia
Department of Radiology, Beijing Friendship Hospital, Capital Medical University, Beijing 100050, China
Department of Ultrasound, Beijing Tongren Hospital, Capital Medical University, Beijing 100730, China
Niu Lijuan
Department of Ultrasound, Cancer Hospital Chinese Academy of Medical Sciences, Beijing 100021, China
Li Weihua
Department of Pathology, Cancer Hospital Chinese Academy of Medical Sciences, Beijing 100021, China
Ying Jianming
Department of Pathology, Cancer Hospital Chinese Academy of Medical Sciences, Beijing 100021, China
Lyu Ning
Department of Pathology, Cancer Hospital Chinese Academy of Medical Sciences, Beijing 100021, China
Zhu Qiang
Department of Ultrasound, Beijing Tongren Hospital, Capital Medical University, Beijing 100730, China
·
DOI: 10.3760/cma.j.cn112137-20240628-01445
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摘要

目的探索二代测序(NGS)技术检测超声引导下细针穿刺活检(US-FNA)单发甲状腺微小结节(TMN)标本中BRAF、RAS、TERT启动子和TP53基因突变情况及其诊断甲状腺微小癌(TMC)的价值。

方法现场招募2018年9月至2021年7月于首都医科大学附属北京同仁医院住院及门诊接受甲状腺超声检查、超声可疑单发TMC且随后进行了US-FNA及NGS的428例TMN患者,最终纳入147例患者。采用NGS技术对US-FNA标本进行BRAF、RAS、TERT启动子和TP53基因突变检测。对比BRAF基因突变组与非基因突变组患者年龄、性别及结节最大径的差异。以术后病理诊断为金标准,通过受试者工作特征(ROC)曲线计算BRAF基因突变诊断TMC的效能。

结果147例患者的年龄[ MQ 1Q 3)]为43.0(32.0,51.0)岁,男37例(25.2%)。147份US-FNA标本中,97份(66.0%)检测出BRAF基因突变,全部为p.V600E点突变;6份(4.1%)检测出RAS基因突变,未检出TERT启动子和TP53基因突变。术后病理证实136例(92.5%)为TMC,病理类型全部为甲状腺微小乳头状癌(PTMC);11例(7.5%)为良性。其中,136份TMC标本中有97份(71.3%)检测出BRAF基因突变。BRAF基因突变组患者年龄、性别及结节最大径与非BRAF基因突变组差异均无统计学意义(均 P>0.05)。TMN中BRAF基因突变诊断TMC的灵敏度和特异度分别为71.3%及100.0%,ROC曲线下面积(AUC)(95% CI)为0.857(0.789~0.925);Bethesda Ⅲ~Ⅴ类TMN中BRAF基因突变诊断TMC的灵敏度和特异度分别为63.0%及100.0%,AUC(95% CI)为0.815(0.680~0.950)。

结论NGS技术可成功检测TMN患者US-FNA标本中多基因突变情况,尤其是BRAF基因突变,且BRAF基因突变对于诊断TMC有一定价值。

甲状腺结节;甲状腺微小癌;超声;细针穿刺活检;二代测序
ABSTRACT

ObjectiveTo explore the detection of BRAF, RAS, TERT promoter, and TP53 gene mutations in solitary thyroid micronodule (TMN) specimens obtained by ultrasound-guided fine-needle aspiration (US-FNA) using next-generation sequencing (NGS) technology and assess its diagnostic value in thyroid microcarcinomas (TMC).

MethodsOn-site recruitment of 428 patients with single suspicious TMC who underwent thyroid ultrasound examination, US-FNA, and NGS from September 2018 to July 2021 at Beijing Tongren Hospital affiliated to Capital Medical University. A total of 147 patients were finally included. NGS was used to detect mutations in the BRAF, RAS, TERT promoter, and TP53 genes in the US-FNA specimens. Comparisons were made between patients with and without gene mutations in terms of age, gender, and the maximum diameter of nodules. The diagnostic efficiency of BRAF mutation for TMC was calculated using the receiver operating characteristic (ROC) curve, with postoperative pathology as the gold standard.

ResultsThe age [ M ( Q 1, Q 3)] of the 147 patients was 43.0 (32.0, 51.0) years, and 37 were male (25.2%). Among the 147 US-FNA specimens, 97 (66.0%) were detected with BRAF gene mutations, all of which were p.V600E point mutation; 6 (4.1%) were detected with RAS gene mutation, and no TERT promoter or TP53 gene mutations were detected. Postoperative pathology confirmed that 136 cases were TMC, all of which were papillary thyroid microcarcinomas (PTMC); 11 cases (7.5%)were benign. Among 136 TMC samples, BRAF gene mutations were detected in 97 cases (71.3%). There were no statistically significant differences in age, gender, and maximum nodule diameter between patients with and without BRAF gene mutations (all P>0.05). The sensitivity and specificity of BRAF gene mutation in diagnosing TMC were 71.3% and 100.0%, respectively, with an area under the ROC curve (AUC) (95% CI) of 0.857 (0.789-0.925). For nodules classified as Bethesda Ⅲ-Ⅴ, the sensitivity and specificity were 63.0% and 100.0%, respectively, with an AUC (95% CI) of 0.815 (0.680-0.950).

ConclusionsNGS technology can successfully detect multiple gene mutations in US-FNA specimens from TMN patients, especially BRAF gene mutation, and BRAF gene mutation has certain value in diagnosing TMC.

Thyroid nodule;Thyroid microcarcinoma;Ultrasound;Fine-needle aspiration;Next-generation sequencing
Zhu Qiang, Email: tendef.3ab62uhzq
引用本文

于风霞,牛丽娟,李卫华,等. 二代测序技术检测超声引导下细针穿刺活检甲状腺微小结节标本中多基因突变及其诊断甲状腺微小癌的价值[J]. 中华医学杂志,2024,104(38):3580-3585.

DOI:10.3760/cma.j.cn112137-20240628-01445

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甲状腺微小结节(thyroid micronodule,TMN)是指最大径≤10 mm的甲状腺结节(thyroid nodule,TN),包括甲状腺微小癌(thyroid microcarcinoma,TMC)及良性TMN 1 , 2 , 3。超声引导下细针穿刺活检(ultrasound-guided fine-needle aspiration,US-FNA)是术前鉴别TN良恶性的重要方法,但即便取材成功,仍有10%~40%的TN无法明确诊断,被归为Bethesda Ⅲ~Ⅴ类 4 , 5 , 6 , 7,其出现增加了TN临床决策难度。对甲状腺细胞学标本进行分子检测,如BRAF、RAS、TERT启动子、TP53基因检测,可提高细胞学诊断的准确性,有助于辅助诊疗决策 8 , 9。既往有关TN基因检测的研究多基于免疫细胞化学、双脱氧测序法和PCR等技术,所需组织量较多且无法同时检测多种基因,而二代测序(next-generation sequencing,NGS)技术仅用10 ng的基因组DNA即可检测到5%或更低频率的基因突变,且可同时分析多种基因突变 10,在细胞量相对较少的US-FNA液体标本中应用前景广阔。目前虽有少量研究初步探讨了NGS技术在术前甲状腺癌(thyroid cancer,TC)细胞学标本内基因突变检测中的应用,但所研究结节径线多介于1.2~1.8 cm 10 , 11,针对TMN细胞学标本多基因突变的研究较少。本研究旨在采用US-FNA取材,利用NGS技术检测单发TMN患者的细胞学标本中BRAF、RAS、TERT启动子和TP53基因突变,并探讨BRAF基因突变诊断TMC的价值,以期为NGS技术应用于TMN的临床诊疗提供参考。
对象与方法
一、研究对象
1.研究对象:本研究为横断面研究,现场招募2018年9月至2021年7月于首都医科大学附属北京同仁医院住院及门诊接受甲状腺超声检查、超声可疑单发TMC且随后进行了US-FNA的428例患者为研究对象。纳入标准:(1)超声可疑单发TMC且同意接受US-FNA及NGS的患者;(2)年龄≥18岁。排除标准:(1)有甲状腺手术史;(2)存在US-FNA禁忌证,包括患者不能配合、凝血功能异常、严重高血压[收缩压>180 mmHg(1 mmHg=0.133 kPa)]、超声引导下不能确定穿刺安全路径者;(3)US-FNA或NGS失败;(4)未随访到手术结果;(5)术后病理结果为多灶性病变。最终纳入147例患者。本研究经首都医科大学附属北京同仁医院伦理委员会批准(批号:TRECKY2018-023),所有患者均签署了知情同意书。
2.分组标准:因BRAF基因突变特异性地出现于恶性TN中,因此其为TC中最具研究意义的基因突变 12,根据BRAF基因突变与否,将患者分为BRAF基因突变组及非BRAF基因突变组。根据美国癌症联合委员会建议,按照患者年龄划分为<55岁组和≥55岁组;根据患者TMN最大径线,以5.0 mm为界点,分为≤5.0 mm组和>5.0 mm组 13
二、研究方法
1.US-FNA:由3位有20年以上甲状腺超声经验且能熟练操作的超声科医师进行US-FNA。采用超声诊断仪(荷兰Philips公司,IU22型)及L12-5型探头(荷兰Philips公司)进行甲状腺超声检查。在US-FNA之前,均先对患者进行常规超声检查,记录结节最大径。穿刺针采用21 G抽吸针(日本八光公司,C7型)。在超声实时引导下,采用单人探头端侧进针法,显示结节后对其可疑部位,包括实性、极低回声、微钙化区域,进行适当负压抽吸取材,穿刺过程中可调整穿刺角度以多点取材,每个结节穿刺2~3针。当穿刺针尾部见到血性液体时即可拔针,推射液性抽吸物至载玻片上,以偏黏稠的淡血性或粉色液体抽吸物为穿刺满意,将其均匀涂开,随即置于95%乙醇溶液中,进行苏木精-伊红染色和细胞学诊断。TMN细胞学诊断报告采用Bethesda分类方法,将细胞学结果分为6类:Ⅰ类为无法诊断,Ⅱ类为良性病变,Ⅲ类为意义不明确的异型性病变,Ⅳ类为滤泡性肿瘤,Ⅴ类为可疑恶性肿瘤,Ⅵ类为恶性肿瘤 14
2.基因组DNA提取、DNA文库构建和测序:在将第2针穿刺液推射至载玻片时适当保留少许液体在穿刺针内,将其喷射至1.5 ml无菌离心管中,并立即储存在-60 ℃干冰箱中,2 h内送达中国医学科学院肿瘤医院病理科分子病理实验室。按既定提取细胞和组织基因组DNA程序从细胞学标本中提取DNA。使用10 ng基因组DNA和甲状腺基因检测模板(中国赛默飞世尔科技公司)制备扩增子文库,对样本进行测序。NGS检测基因包括BRAF、RAS、TERT启动子和TP53基因。当突变频率≥5%且突变深度>1 000时定义为有意义突变,突变结果由具有副高及以上职称的病理医师核对确认。随后计算NGS技术对BRAF、RAS、TERT启动子和TP53基因突变的检出率。探讨患者年龄、年龄分组、性别、结节最大径及结节最大径分组是否为BRAF基因突变的影响因素并评估TMN患者中BRAF基因突变诊断TMC的效能。
三、统计学分析
使用SPSS 20.0软件进行数据整理和统计学分析。非正态分布的计量资料以 MQ 1Q 3)表示,组间比较采用Mann-Whitney U检验。计数资料以频数(%)表示,组间比较采用χ²检验。采用受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线计算基因突变诊断TMC的效能。双侧检验,检验水准α=0.05。
结果
一、基本情况
147例患者年龄为43.0(32.0,51.0)岁,结节最大径为7.7(5.6,9.6)mm。男性37例(25.2%),年龄为45.0(33.0,51.0)岁,结节最大径为6.9(5.6,9.5)mm;女性110例(74.8%),年龄为42.5(31.8,50.0)岁,结节最大径为7.9(5.7,9.6)mm。男性和女性患者年龄和结节最大径差异均无统计学意义( P值分别为0.536、0.319)。
二、US-FNA细胞学检测、NGS基因突变检测及术后病理结果
1.US-FNA细胞学检测:Bethesda Ⅰ类5例(3.4%)、Ⅱ类5例(3.4%)、Ⅲ类9例(6.1%)、Ⅳ类1例(0.7%)、Ⅴ类48例(32.7%)和Ⅵ类79例(53.7%)。
2.NGS基因突变检测:共有97份(66.0%)US-FNA标本检测为BRAF基因突变,全部为15号外显子发生p.V600E的非同义点突变(BRAF:NM_004333:exon15:c.T1799A:p.V600E);6份(4.1%)检测为RAS基因突变,其中3份为NRAS基因突变,3份为KRAS基因突变,未检出HRAS基因突变;3份NRAS基因突变标本的NRAS基因均发生了非同义点突变,其中2份为3号外显子突变(NRAS:NM_002524:exon3:c.A182G:p.Q61R),1份为2号外显子突变(NM_002524:exon2:c.G35A:p.G12D);3份KRAS基因突变均发生在2号外显子,其中2份为非同义点突变(KRAS:NM_004985:exon2:c.G38A:p.G13D及KRAS:NM_004985:exon2:c.G35T:p.G12V),1份为非移码替代突变(KRAS:NM_004985:exon2:c.36_37CC:p.G13R)。147份标本中均未检出TERT启动子或TP53基因突变。
3.术后病理:共有136例(92.5%)为TMC,病理类型全部为甲状腺微小乳头状癌(papillary thyroid microcarcinoma,PTMC);11例(7.5%)为良性,其中5例为结节性甲状腺肿、3例为桥本甲状腺炎、2例为结节性甲状腺肿合并腺瘤样增生、1例为结节性甲状腺肿合并桥本甲状腺炎。
三、TMN患者中BRAF基因突变诊断TMC的效能
1.基本情况:BRAF基因突变组TMN患者年龄、年龄分组、性别、结节最大径及结节最大径分组较非BRAF基因突变组差异均无统计学意义(均 P>0.05)( 表1 )。
项目 BRAF基因突变组( n=97) 非BRAF基因突变组( n=50) Z/χ 2 P
年龄(岁) a 42.0(31.5,49.5) 46.5(34.5,51.8) 1.211 0.226
<55岁 b 82(84.5) 40(80.0) 0.481 0.488
男性 b 26(26.8) 11(22.0) 0.404 0.525
结节最大径(mm) a 8.2(6.2,9.5) 7.8(5.7,9.6) 0.020 0.984
结节最大径≤5 mm b 13(13.4) 6(12.0) 0.058 0.810
BRAF基因突变组与非BRAF基因突变组TMN患者基本情况比较

注:TMN为甲状腺微小结节; a MQ 1Q 3); b例(%)

2.TMN中BRAF基因突变诊断TMC的效能:136例TMC患者中,存在BRAF基因突变者97例(71.3%),非BRAF基因突变者39例(28.7%);11例良性TMN患者中,均未见BRAF基因突变。BRAF基因突变诊断TMC的灵敏度、特异度、准确率分别为71.3%、100.0%及73.5%,ROC曲线下面积(area under the curve,AUC)及95% CI为0.857(0.789~0.925)( 表2图1 )。
项目 Youden指数 灵敏度(%) 特异度(%) 阳性预测值(%) 阴性预测值(%) 标准误 AUC(95% CI
TMN中BRAF基因突变 0.713 71.3 100.0 100.0 22.0 0.035 0.857(0.789~0.925)
Bethesda Ⅲ~Ⅴ类TMN中BRAF基因突变 0.630 63.0 100.0 100.0 16.7 0.069 0.815(0.680~0.950)
TMN及Bethesda Ⅲ~Ⅴ类TMN中BRAF基因突变诊断TMC的效能

注:TMN为甲状腺微小结节;TMC为甲状腺微小癌;AUC为曲线下面积

TMN中BRAF基因突变诊断TMC的ROC曲线 Bethesda Ⅲ~Ⅴ类TMN中BRAF基因突变诊断TMC的ROC曲线

注:TMN为甲状腺微小结节;TMC为甲状腺微小癌;ROC为受试者工作特征

3.Bethesda Ⅲ~Ⅴ类TMN中BRAF基因突变诊断TMC的效能:54例细胞学分类为Bethesda Ⅲ~Ⅴ类的TMC患者中,存在BRAF基因突变者34例(63.0%),非BRAF基因突变者20例(37.0%);4例细胞学分类为Bethesda Ⅲ~Ⅴ类的良性TMN中,均未见BRAF基因突变。BRAF基因突变诊断Bethesda Ⅲ~Ⅴ类TMC的灵敏度、特异度、准确率分别为63.0%、100.0%、65.5%,AUC(95% CI)为0.815(0.680,0.950)( 表2图2 )。
讨论
本研究中NGS技术可检测到TMN患者US-FNA标本中多基因突变,以BRAF基因突变比例最高,且BRAF基因突变组与非突变组患者年龄、性别及结节最大径差异无统计学意义;BRAF基因突变有助于诊断TMN中的TMC。
多项共识建议对甲状腺US-FNA标本进行分子检测以提高US-FNA术前诊断准确性 8 , 9,且具有多基因变异者预后较差 15 , 16 , 17。国内常用的分子检测技术主要为PCR和NGS技术。PCR技术无法对同一标本进行多基因检测且所需组织量较多,NGS技术通量高且能同时检测多种类型的基因变异。本研究纳入单发TMN患者,且在术前采用NGS技术检测基因突变情况,最大程度保证超声所示结节、US-FNA穿刺结节(即NGS测序结节)与术后病理部位的一致。
BRAF基因突变是TC中最常见的突变,绝大部分是V600E点突变 18 , 19。Zeng等 20通过PCR技术检测TMC患者术后新鲜病理组织,发现有74.9%的患者检测到BRAF基因突变。Shangguan等 21对TMC患者术后石蜡包埋病理组织标本进行PCR检测,BRAF突变率为82.2%。一项使用PCR技术对TMC患者术前细胞学标本测序的研究显示,BRAF突变率为34.4% 22。本研究中,使用NGS技术检测TMN患者术前US-FNA标本,其中术后病理证实为TMC的标本中有71.3%检测到BRAF基因突变。这表明NGS技术对TMC术前细胞学标本的BRAF基因突变检出率与PCR检测术后病理组织学标本相似,且高于PCR技术检测术前细胞学标本,提示NGS技术使用US-FNA获取的较少DNA,可获得较高的BRAF基因突变检出率,能更好地辅助TMN术前临床诊疗决策。RAS基因突变主要发生于滤泡性肿瘤 23,TERT启动子突变为TC预后不良的标志物 8,TP53基因突变则在未分化TC中常见 24。关于TMN患者中以上基因突变的研究较少。本研究发现4.1%的标本中存在RAS基因突变,且未检出TERT启动子及TP53基因突变,可能与研究中大部分TMN病例分化较好且样本量有限有关。尚需扩大样本量以分析NGS技术检测TMN患者中RAS、TERT启动子和TP53基因突变情况。
本研究表明,BRAF基因突变与患者年龄、性别及结节最大径差异无相关。各研究对上述因素影响的结果不一 2125 , 26,研究结果的差异可能与样本量、病例构成(如性别和年龄比例)及基因检测方式不同有关。本研究发现,BRAF基因突变有助于诊断TMC。对于US-FNA检查不能明确诊断的TMN,分子检测可作为补充措施,以确定TMN的恶性风险 8 , 927 , 28。本研究分析细胞学诊断为Bethesda Ⅲ~Ⅴ类的58例TMN,指出BRAF基因突变对诊断其中的TMC有一定价值。文献报道BRAF基因突变检测该类结节的灵敏度不一致 429 , 30 , 31,主要与研究中各分类结节的个数及比例有关。本研究中,BRAF基因诊断TMC的特异度为100.0%,与BRAF基因突变特异性地出现于TC中相对应,肯定了NGS的阳性预测效能。
本研究存在以下局限性。首先,TMC的病理类型单一,皆为PTMC,未包括滤泡状癌、未分化癌等少见类型,这可能影响基因突变的检测率,尤其是突变率不高且常见于非乳头状癌的基因,如RAS、TERT启动子及TP53基因。其次,研究对象为超声可疑TMC患者,其中Bethesda Ⅲ类和Ⅳ类结节数量相对较少,可能影响BRAF基因突变对此类结节中TMC的诊断价值,有待增加相应分类结节数量以进一步探讨。再者,出于对患者安全性的考虑,研究实施过程中无法对患者进行更多次US-FNA取材,无法同时进行PCR及NGS检测,进而无法就同一标本进行两种方法测序效能的比对。
综上,NGS技术可成功检测TMN患者术前US-FNA标本中多基因突变情况,尤其是BRAF基因突变,且BRAF基因突变有助于TMC的诊断,为TMN的临床诊疗决策提供帮助。
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万方数据
备注信息
A
朱强,Email: tendef.3ab62uhzq
B

于风霞:病例收集、数据整理、统计学分析、文章撰写;牛丽娟、应建明、吕宁:研究指导、设计实验、实施研究;李卫华:研究指导、分析与解释数据;朱强:研究指导、设计实验、实施研究、病例收集、论文修改、经费支持

C
于风霞, 牛丽娟, 李卫华, 等. 二代测序技术检测超声引导下细针穿刺活检甲状腺微小结节标本中多基因突变及其诊断甲状腺微小癌的价值[J]. 中华医学杂志, 2024, 104(38): 3580-3585. DOI: 10.3760/cma.j.cn112137-20240628-01445.
D
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